Anak-anak yang tinggal di daerah GAKI mempunyai risiko yang lebih tinggi untuk mengalami kelaparan dan rendahnya skor IQ. Tujuan penelitian ini menjelaskan hubungan status gizi, anemia, status infeksi, dan asupan zat gizi (energi, protein, karbohidrat, lemak, iodium, vitamin C, vitamin A, Fe, Zn, dan Selenium), dengan fungsi kognitif anak sekolah dasar (SD) yang tinggal di daerah GAKI, dan mengetahui kandungan iodium pada tanah dan air di wilayah tersebut. Jenis studi observasional dengan desain crosssectional. Subjek penelitian anak SD berusia 9-12 tahun kelas 3, 4, dan 5 dari 3 SD di daerah endemik GAKI Kecamatan Kismantoro, Kabupaten Wonogiri, Jawa Tengah. Status GAKI diukur menggunakan metode palpasi dan Urinary Iodine Excretion (UIE), status gizi dengan indikator TB/U, status anemia menggunakan Hemocue, status infeksi dengan wawancara pada orangtua, asupan zat gizi menggunakan multiple food recall 24 jam (3 hari), kandungan iodium dalam tanah dan air menggunakan Inductive Coupled Plasma-Mass Spectrometry (ICP-MS) dan fungsi kognitif menggunakan Weschler Intelligence Score for Children-Revised (WISC-R). Hasil menunjukkan 20 subjek (28,9%) mengalami GAKI, 27 subjek (39,1%) stunting, 17 subjek (24,6%) anemia, 11 subjek (15,9%) infeksi (ISPA dan diare) dan 57 subjek (82,6%) mengalami gangguan fungsi kognitif. Analisis bivariat menunjukkan tidak terdapat hubungan signifikan antara status GAKI dan infeksi dengan fungsi kognitif (p>0,05). Terdapat hubungan signifikan antara status gizi dan anemia dengan fungsi kognitif (p<0,05). Analisis multivariat asupan zat gizi energi, protein, karbohidrat, lemak, iodium, vitamin C, vitamin A, besi, dan selenium memberikan kontribusi sebesar 20,9% dari skor IQ total anak sekolah. Hb, UIE, dan asupan zat gizi memberikan kontribusi sebesar 24,1% dari skor IQ total anak sekolah. Hasil laboratorium menunjukkan rerata kandungan iodiumtanah (2,49 ppm), dan dalam air (2,7ppb) berada di bawah standar. Jadi status gizi dan anemia, asupan zat gizi berhubungan dengan fungsi kognitif anak sekolah. GAKI dan status infeksi tidak berhubungan dengan fungsi kognitif. Secara bersama Hb, UIE dan asupan zat gizi berhubungan dengan fungsi kognitif. Rerata kandungan iodium pada tanah dan air di wilayah penelitian berada di bawah standar.Kata kunci: GAKI, status gizi, anemia, infeksi, fungsi kognitif