Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2019 - 2024
1.116
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Sainteks Omni-Akuatika Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada Aquacultura Indonesiana Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan
Syakuri, Hamdan
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Computer Science & IT Earth & Planetary Sciences Environmental Science Immunology & microbiology Mechanical Engineering Medicine & Pharmacology Other

Published : 7 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada

 1 
Keragaman Genetik Ikan Uceng (Nemacheilus) di Sungai Wilayah Banyumas Berdasar Sekuen Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Rima Oktavia Kusuma; Muhammad Sulaiman Dadiono; Baruna Kusuma; Hamdan Syakuri
Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada Vol 23, No 2 (2021)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/jfs.61167

Abstract

Ikan uceng (Nemacheilus) merupakan ikan endemik yang hidup di perairan sungai wilayah Banyumas. Penangkapan berlebih serta perubahan kualitas lingkungan menyebabkan penurunan populasinya di alam. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Nemacheilus yang hidup di perairan sungai Banyumas serta melihat keragaman genetiknya. Cytochrome oxidase subunit I (COI) digunakan sebagai marka molekuler, dimana telah terbukti sebagai penanda (barcode) yang universal dan stabil. Ada bagian dari COI yang bersifat variabel sehingga bagus apabila digunakan melihat keragaman genetik. Hasil BLAST menyatakan bahwa sampel keempat stasiun memiliki nilai per indent 99,54-100% dengan spesies Neimacheilus chrysolaimos. Nilai keragaman haplotype (Hd) 0,679, dan nilai keragaman nukleotida 0,00117. Berdasarkan hal tersebut, keragaman haplotype ikan uceng dikategorikan pada tingkat sedang, sedangkan keragaman nukleotida pada tingkat rendah.
Isolasi dan Identifikasi Molekuler Bakteri Proteolitik dari Saluran Pencernaan Ikan Nila (Oreochromis niloticus) yang Dibudidayakan di Kabupaten Banyumas Mohammad Nurhafid; Hamdan Syakuri; Oedjijono Oedjijono; Emyliana Listiowati; Anandita Ekasanti; Dewi Nugrayani; Hendro Pramono
Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada Vol 23, No 2 (2021)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/jfs.64072

Abstract

Keberadaan bakteri proteolitik pada komoditas akuakultur penting untuk dipelajari, salah satunya terkait dengan praktek budidaya ikan skala kecil di daerah pedesaan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan dan melakukan identifikasi secara molekuler bakteri proteolitik yang diisolasi dari saluran pencernaan ikan nila (Oreochromis niloticus). Sampel ikan nila diambil dari tiga unit kegiatan akuakultur yang menggunakan pakan berbeda di Kabupaten Banyumas yaitu dari Desa Pandak (dengan probiotik, pakan pellet), Desa Beji (tanpa probiotik, pakan tumbuhan) dan Desa Tambaksogra (dengan probiotik, kombinasi pakan pellet dan tumbuhan). Jumlah bakteri, proporsi bakteri proteolitik, dan indeks aktifitas proteolitik diamati dari usus bagian anterior, middle, dan posterior. Sampel isolat bakteri  proteolitik dikelompokkan berdasarkan hasil analisis restriksi 16S rDNA menggunakan software PhyElp. Bakteri dari setiap kelompok diidentifikasi berdasarkan sekuen gen 16S rDNA dengan menggunakan analisis BLAST dan analisis filogenetik. Jumlah bakteri di saluran pencernaan ikan nila dari tiga tempat relatif sama dan cenderung meningkat ke arah posterior. Hasil penelitian menunjukkan ikan nila dari Desa Pandak memiliki proporsi bakteri proteolitik yang lebih tinggi dibandingkan sampel ikan dari Desa Beji dan Tambaksogra. Nilai aktivitas bakteri proteolitik saluran pencernaan ikan nila dari Desa Pandak relatif lebih tinggi dibandingkan dari dua desa lainnya. Bakteri proteolitik dari saluran pencernaan ikan nila dapat dikelompokkan menjadi 15 kelompok berdasarkan polimorfisme hasil digesti fragment gen 16S rDNA. Sampel dari 15 kelompok tersebut memiliki sekuen 16S rDNA yang mirip dengan Pseudomonas aeruginosa (4 isolat), Plesiomonas shigelloides, Escherichia coli, Aeromonas veronii, Klebsiella variicola, Enterobacter ludwigii, Enterobacter hormaechei (2 isolat), Enterobacter cloacae, Bacillus subtilis, Bacillus amyloliquefaciens dan Bacillus sp.
Co-Authors Agung Cahyo Setyawan Ahmad Hanif Pranoto Utomo Anandita Ekasanti Anandita Ekasanti Baruna Kusuma Dewi Fitrya Nugraheny Dewi Nugrayani Emyliana Listiowati Emyliana Listiowati Hary Tjahja Soedibya Hendro Pramono Ikhsan Pratama Kasprijo . Mohammad Nurhafid Muh. Sulaiman Dadiono Ningam Syukri Oedjijono Oedjijono P.Hary Tjahja Purnama Sukardi Rima Oktavia Kusuma Slamet Budi Prayitno Steinhagen, Dieter Taufik Budhi Pramono