Check and balances antara eksekutif dan legislatif sangat diperlukan dalam penyelenggaraan pemerintahan, hal tersebut harusnya dilaksanakan oleh Pemerintah Daerah DIY dan DPRD DIY dalam pengelolaan dana keistimewaan. Terdapat enam indikator teoritis terkait dengan fungsi check and balances, dimana pelaksanaan fungsi tersebut dapat menciptakan pemerintahan yang seimbang. Metode penelitian yang digunakan dalam kajian ini adalah dengan metode kajian pustaka untuk memetakan permasalahan-permasalahan yang terjadi terkait dengan dana keistimewaan berdasarkan data sekunder. Hasil kajian ini adalah bahwa check and balances antara Pemerintah Daerah DIY dengan DPRD DIY dalam pengelonaan dana keistimewaan tidak dapat berjalan sebagaimana mestinya, hal tersebut dikarenakan adanya dominasi peran pemerintah pusat. Pelaksanaan keistimewaan dengan penguatan konsep otonomi daerah seharusnya dilakukan dan menjadi komitmen antara Pemerintah Daerah DIY dengan DPRD DIY.