Claim Missing Document
Check
Articles

Found 5 Documents
Search
Journal : JSFK (Jurnal Sains Farmasi

Prediksi Stabilitas Mucroporin sebagai Kandidat Obat Berbasis Peptida melalui Simulasi Dinamika Molekular Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi; Eky Syahroni
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 7, No 3 (2020): J Sains Farm Klin 7(3), Desember 2020
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1071.907 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.7.3.210-217.2020

Abstract

Beberapa peptida yang terkandung dalam racun kalajengking (Lychas mucronatus) menunjukkan beragam aktivitas biologis dengan spesifisitas tinggi terhadap target. Peptida ini memiliki efek potensial terhadap mikroba dan menunjukkan potensi untuk memodulasi berbagai mekanisme biologis yang terlibat dalam imunitas, saraf, kardiovaskular, dan penyakit neoplastik. Keragaman struktural dan fungsional yang penting dari peptida tersebut membuktikan bahwa peptida dari racun kalajengking dapat digunakan dalam pengembangan obat spesifik baru. Melalui penelitian ini akan dilakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap stabilitas peptida Mucroporin yang diproduksi dari racun kalajengking dengan menggunakan simulasi dinamika molekular. Sekuens molekul peptida Mucroporin dimodelkan dengan menggunakan server PEPstrMOD. Konformasi terbaik hasil pemodelan dipilih untuk diamati stabilitasnya dengan menggunakan software Gromacs 2016.3. Trajektori yang terbentuk kemudian dianalisis berdasarkan visulasiasi dengan menggunakan software VMD 1.9.4 serta dilakukan analisis grafik RMSD dan RMSF. Hasil analisis trajektori dari simulasi dinamika molekular membuktikan bahwa molekul peptida Mucroporin-S2 memiliki stabilitas yang paling baik. Dengan demikian, molekul peptida tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat obat berbasis peptida.
Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Asam Ferulat dan Turunannya dari Kulit Buah Nanas (Ananas comosus) sebagai Inhibitor Enzim Tirosinase Taufik Muhammad Fakih; Hilda Aprilia Wisnuwardhani; Mentari Luthfika Dewi; Dwi Syah Fitra Ramadhan; Aulia Fikri Hidayat; Robby Prayitno
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 8, No 2 (2021): J Sains Farm Klin 8(2), Agustus 2021
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (12140.544 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.8.2.208-220.2021

Abstract

Enzim tirosinase merupakan enzim utama pada proses pembentukan pigmen melanin. Penghambatan aktivitas enzim tirosinase secara kompetitif maupun non-kompetitif menjadi kunci utama pengembangan agen pencerah kulit. Asam ferulat merupakan salah satu senyawa antioksidan yang kuat dan mampu melindungi kulit dari dampak buruk sinar UV yang menginduksi stress oksidatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi interaksi molekuler antara senyawa asam ferulat dari kulit buah nanas (Ananas comosus) dan turunannya dengan enzim tirosinase menggunakan motode dinamika molekuler. Molekul senyawa uji dimodelkan menggunakan perangkat lunak Quantum ESPRESSO v.6.6. Model terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Konformasi terbaik hasil penambatan molekuler kemudian dikonfirmasi stabilitasnya dengan simulasi dinamika molekuler menggunakan perangkat lunak Gromacs 2016.3. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler, senyawa asam iso-ferulat memiliki afinitas yang paling baik, yaitu dengan nilai energi bebas ikatan −25,06 kJ/mol dan memilki ikatan dengan logam seng (Zn) pada sisi aktif enzim tirosinase. Kemudian senyawa tersebut memiki stabilitas interaksi yang baik berdasarkan grafik RMSD, RMSF, Rg, SASA, RDF, dan H-Bond. Dengan demikian, senyawa asam iso-ferulat diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor kompetitif dan non-kompetitif enzim tirosinase
Desain Primer Gen 12S sRNA dari DNA Mitrokondria Babi (Sus scrofa) secara In Silico sebagai Kandidat Primer dalam Analisis Molekuler Kehalalan Produk Taufik Muhammad Fakih; Salsabilla Wijaya; Sani Ega Priani
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 8, No 3 (2021): J Sains Farm Klin 8(3), Desember 2021
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (772.051 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.8.3.316-322.2021

Abstract

Beberapa produk seperti obat, makanan, dan kosmetika khususnya kolagen dapat berpotensi mengandung turunan babi sehingga diperlukan adanya analisis kehalalan. . Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode yang dapat digunakan untuk melakukan analisis sampel secara molekuler. Tujuan dari penelitian ini adalah mendesain kandidat primer dari gen 12S rRNA babi secara in silico. . Metode yang digunakan adalah penelusuran data gen 12S rRNA melalui situs National Center for Biotechnology Information (NCBI), kemudian sekuen gen 12S rRNA dianalisis menggunakan server web Integrated DNA Technologies (IDT) dan MFEprimer-3.1 untuk dilakukan pemilihan kandidat primer terbaik. Kandidat primer terpilih kemudian diidentifikasi menggunakan server web SnapGene Viewer untuk mengamati kemampuan penempelan kandidat primer pada sekuen target. Pada tahap terakhir dilakukan evaluasi kandidat primer menggunakan server web OligoAnalyzer™ Tool agar diperoleh pasangan kandidat primer terbaik yang memenuhi kriteria primer yang baik. Kandidat primer yang terbaik adalah primer forward rRNA-5 (5’ GTACTACTCGCAACTGCCTAAA 3’) dan primer reverse rRNA-6 (5’GCAAGGGTTGGTAAGGTCTATC 3’) karena memenuhi persyaratan primer ideal. . Dengan demikian, kandidat primer tersebut dapat digunakan untuk karakterisasi sampel secara in vitro menggunakan teknik PCR.
Studi Interaksi Senyawa Turunan Saponin dari Daun Bidara Arab (Ziziphus spina-christi L.) sebagai Antiseptik Alami secara In Silico Fitrianti Darusman; Taufik Muhammad Fakih
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 7, No 3 (2020): J Sains Farm Klin 7(3), Desember 2020
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1573.842 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.7.3.229-235.2020

Abstract

Christinin merupakan senyawa turunan glikosida saponin yang paling banyak terdapat dalam daun bidara arab (Ziziphus spina-christi L.). Terdapat empat tipe christinin yaitu christinin-A, B, C, dan D yang diduga memiliki aktivitas sebagai antimikroba yang efektif terhadap bakteri dan jamur, seperti Staphylococcus epidermidis, Echerichia coli, dan Candida albicans yang sering menyebabkan infeksi pada permukaan kulit yang biasanya dapat diatasi dengan penggunaan cairan antiseptik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengevaluasi serta mengeksplorasi afinitas dan interaksi molekular antara senyawa christinin-A, B, C, dan D terhadap makromolekul target pada Staphylococcus epidermidis, Echerichia coli dan Candida albicans dengan menggunakan simulasi penambatan molekular secara in silico. Molekul senyawa uji terlebih dahulu dioptimasi geometri dengan menggunakan perangkat lunak GaussView 5.0.8 dan Gaussian09. Konformasi terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul target dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Interaksi yang terbentuk selanjutnya diamati dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020.  Berdasarkan hasil dari simulasi penambatan molekular, senyawa christinin memiliki afinitas yang baik terhadap makromolekul target pada Staphylococcus epidermidis, Echerichia coli dan Candida albicans. Dengan demikian, senyawa tersebut diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat komponen utama dari antiseptik alami.
Identifikasi Mekanisme Molekuler Senyawa Bioaktif Peptida Laut sebagai Kandidat Inhibitor Angiotensin-I Converting Enzyme (ACE) Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 7, No 1 (2020): J Sains Farm Klin 7(1), April 2020
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (2086.504 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.7.1.76-82.2020

Abstract

Senyawa bioaktif peptida laut saat ini menjadi fokus penelitian karena memiliki sifat yang unik. Salah satu peran biologis penting dari senyawa peptida tersebut adalah sebagai agen antihipertensi terhadap aktivitas Angiotensin-I Converting Enzyme (ACE). Terdapat beberapa senyawa peptida yang telah terbukti mampu menghambat reseptor ACE, seperti senyawa peptida yang dihasilkan oleh teripang (Acaudina molpadioides), kerang biru (Mytilus edulis), dan ikan tuna (Thunnini). Dalam penelitian ini dilakukan identifikasi dan evaluasi terhadap interaksi yang terjadi antara senyawa peptida dengan reseptor ACE menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sequencing senyawa peptida dimodelkan terlebih dahulu menggunakan server PEP-FOLD. Konformasi terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul reseptor ACE menggunakan software PatchDock. Interaksi yang terjadi diamati lebih lanjut menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2020. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler berbasis protein-peptida, senyawa peptida kerang biru dan ikan tuna memiliki afinitas yang baik terhadap reseptor ACE, yaitu dengan ACE score masing-masing adalah −391,62 kJ/mol dan −516,56 kJ/mol. Dengan demikian, senyawa bioaktif peptida laut tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat inhibitor reseptor ACE berbasis peptida