Sistem klasifikasi penyakit merupakan pengelompokan penyakit-penyakit yang sejenis berdasarkan The International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problem Tenth Revisions (ICD-10). Penerapan pengodean harus sesuai ICD-10 guna mendapatkan kode yang tepat sehingga mencerminkan kondisi kesehatan yang sebenarnya. Studi ini bertujuan untuk mengidentifikasi tingkat ketepatan klasifikasi klinis dan faktor yang mempengaruhinya di fasilitas kesehatan tingkat primer (Puskesmas) dan fasilitas kesehatan rujukan tingkat lanjut (rumah sakit) di Indonesia. Penelitian menggunakan metode systematic review terhadap sejumlah artikel penelitian terpublikasi tahun 2009-2019. Literatur didapat dari 3 database online, 19 jurnal, Google Scholar, dan prosiding online. Jumlah total literatur yang diperoleh sebanyak 458 artikel dan sebanyak 45 artikel memenuhi kriteria penelitian. Hasilnya menunjukkan tingkat ketepatan kode diagnosis di Puskesmas sebesar 26 – 45% dan di rumah sakit sebesar 21 – 81%. Ketepatan kode bervariasi antar klasifikasi penyakit berdasarkan sistem organ tubuh atau penyakit khusus tertentu. Secara kuantitatif, studi literatur menunjukkan adanya pengaruh ketepatan terminologi medis/penulisan diagnosis; kelengkapan pengisian rekam medis; tingkat pengetahuan, pengalaman, dan beban kerja PMIK terhadap ketepatan kode. Hasil studi literatur juga menunjukkan bahwa ketersediaan SPO dan fasilitas yang memadai, serta dilakukannya audit coding juga merupakan faktor penentu ketepatan kode. Dengan demikian, peningkatan ketepatan kode diagnosis perlu dilakukan untuk menunjang sistem pelaporan kesehatan yang bermutu. Upaya peningkatannya sebaiknya tidak hanya pada sebagian faktor melainkan harus dilakukan secara menyeluruh pada semua aspek.