Garuda - Garba Rujukan Digital

p-Index From 2019 - 2024

P-Index

This Author published in this journals

All Journal Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Chimica et Natura Acta

Shabarni Gaffar -, Shabarni Gaffar

Department of Chemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Padjadjaran University, Jl. Raya Bandung-Sumedang Km 21, Jatinangor, Sumedang 45363, East Java

Author-ID : 552862

Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemistry Computer Science & IT Environmental Science Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology

Published : 4 Documents Claim Missing Document

Claim Missing Document

Articles

STUDI IN SILICO SINGLE CHAIN VARIABLE FRAGMENT (SCFV) SELEKTIF TERHADAP HORMON BASIC NATRIURETIC PEPTIDE (BNP) Gaffar, Shabarni; Masyhuri, Aga Adi; Hartati, Yeni Wahyuni; Rustaman, Rustaman
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Basic natriuretic peptide (BNP) merupakan polipeptida yang terdiri dari 32 asam amino yang disekresikan oleh bilik jantung untuk merespon peregangan yang berlebihan pada sel otot jantung. Pengeluaran BNP dimodulasi oleh ion kalsium. BNP berpotensi untuk digunakan sebagai marker untuk meramalkan pasien yang mengalami gagal jantung. Anti BNP single chain variable fragment (Anti BNP SCFV) merupakan gabungan polipeptida antara daerah yang bervariasi pada rantai heavy (VH) dan rantai light (VL) dari immunoglobulin. Anti BNP SCFV akan berikatan dengan BNP melalui pengenalan antigen-antibodi yang biasanya berada pada daerah CDR (Complementary Determining Region) yang merupakan bagian dari SCFV. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari selektivitas docking SCFV yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) dengan BNP berdasarkan parameter energi intermolekular secara in silico. SCFV terpilih dimodifikasi melalui penggantian asam amino yang berperan pada interaksi untuk mendapatkan SCFV yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi interaksi intermolekular yang lebih rendah. Docking dilakukan menggunakan program Autodock 4.2.3. Visualisasi dilakukan menggunakan program Molegro Virtual Viewer. Hasil penelitian menunjukkan SCFV dengan ID-PDB 4OUO merupakan SCFV yang selektif terhadap BNP dengan energi intermolekular -12,81 kkal/mol, Ki 0,9712 M, namun energi ikatan yang positif: 17,33 kkal/mol. Penggantian asam amino arginin 116 menjadi histidin pada SCFV 4OUO memperlihatkan pengikatan yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi intermolekul -13,66 kkal/mol, energi ikatan 16,47 kkal/mol, dan Ki 0,9726 M. Bagaimanapun, metode prediksi interaksi antara BNP dan SCFV perlu dikembangkan lebih lanjut untuk mendapatkan hasil yang lebih baik.

DETEKSI URUTAN OLIGONUKLEOTIDA Mycobacterium tuberculosis SECARA VOLTAMMETRI MENGGUNAKAN SCREEN PRINTED CARBON ELECTRODE (SPCE) Hartati, Yeni Wahyuni; Yohan, Yohan; Nurmalasari, Ratna; Gaffar, Shabarni; Lubis, Rubianto A.
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab tuberkulosis (TB). Pengembangan analisis secara biosensor DNA sangat menarik perhatian karena penerapannya mudah. Dalam penelitian ini telah dilakukan penentuan urutan pendek oligonukleotida M. tuberculosis gen RV0508 dari strain H37RV secara voltammetri pulsa differensial menggunakan screen printed carbon electrode (SPCE). Pendeteksian berdasarkan teknik hibridisasi urutan oligonukleotida probe yang diadsorpsi pada permukaan SPCE, dengan pasangan komplementernya dari DNA target, tanpa indikator hibridisasi, yaitu dengan mensubstitusi basa guanin probe dengan basa inosin. Respon hibridisasi berupa signal guanin DNA target di daerah potensial sekitar +0,9 V. Telah diperoleh korelasi linear antara arus puncak dengan konsentrasi DNA target pada rentang 5,0-20,0 Âµg/mL dengan batas deteksi 8,2 Âµg/mL.

IDENTIFIKASI POPULASI BAKTERI DALAM SPONS PENCUCI PIRING DENGAN METODE PCR-RFLP Gaffar, Shabarni; Maksum, Iman Permana; Julaeha, Euis
Chimica et Natura Acta Vol 2, No 2 (2014)
Publisher : Departemen Kimia

Spons pencuci piring 200.000 kali lebih kotor dibanding dudukan toilet. Berbagai bakteri penyebab penyakit seperti Eschericia coli, Pseudomonas dan Staphylococcus, berkembang biak di permukaan yang basah. Selain itu, 500 ribu bakteri hidup di dalam saluran pembuangan bak cuci piring. Jika spons dalam kondisi tidak kering (lembab karena direndam), maka akan menjadi markas semua bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan populasi bakteri yang terdapat pada spons cuci piring yang basah. Identifikasi dilakukan dengan metoda molekular berbasis DNA yaitu teknik PCR-RFLP gen 16s rDNA. Metoda PCR-RFLP merupakan genetik fingerprinting yang akurat, cepat dan sederhana. Koloni bakteri yang ditumbuhkan dari spons pencuci piring di lisis dan digunakan sebagai templat untuk PCR. Hasil PCR gen 16s rDNA yang berukuran 1400 pb, dipotong dengan enzim restriksi, Hinf1. Hasil penelitian menunjukkan terdapat empat pola pemotongan yang berbeda-beda. Pola yang berbeda ini menunjukkan terdapat empat populasi yang berbeda hidup pada spons basah. Kami mengidentifikasi bahwa salah satu mikroba yang tumbuh adalah E. coli yang merupakan bakteri patogen.

Ekspresi Prethrombin-2 Manusia Recombinan dalamPichia pastoris dan Optimasi Kondisi Ekspresinya Gaffar, Shabarni; Upay, Purba; Maksum, Iman Permana; Hasan, Khomaini; Subroto, Toto; Enus, Sutarya; Soemitro, Soetijoso; Pertiwi, Wulan
Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 4, No 1 (2017)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Pretrombin merupakan prekursor dari trombin yang memiliki aktivitas proteolitik. Trombin merubah fibrinogen menjadi benang fibrin yang salah satu aplikasinya adalah dapat digunakan sebagai lem untuk menggantikan teknik jahitan pasca bedah. Aplikasi trombin untuk pembuatan lem fibrin menuntut diproduksinya trombin rekombinan. Tujuan dari penelitian ini adalah ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia rekombinan menggunakan sistem ekspresi Pichia pastoris. Gen pengode PT2 dirancang sesuaidengan kodon preferensi P. pastoris. Fragmen PT2 diamplifikasi dengan metoda PCR dengan penambahan sisi restriksi EcoR1 pada ujung 5â dan sisi restriksi SacII pada ujung 3â. Produk PCR yang berukuran 924 pb diligasi dengan vektor ekspresi pPICZaB untuk P. pastoris dan disubkloning dalam inang Escherichia coli. Urutan nukleotida dikonfirmasi dengan metoda dideoxy Sanger. Plasmid rekombinan pPICZaB-PT2 kemudian digunakan untuk mentransformasi P. pastoris SMD1168 defisien protease dengan metoda elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen PT2 berhasil diamplifikasi dan dikloning dalam E. coli. Analisis restriksi dan penentuan urutan DNA menunjukkan bahwa PT2 rekombinan 100% homologi dengan hasil rancangan. Hasil ekspresi PT2 oleh P. pastoris menggunakan metanol sebagai inducer memperlihatkan bahwa PT2 dengan berat molekul 35 kDa berhasil diekspresikan. Optimasi kondisi ekspresi melalui variasi konsentrasi metanol sebagai inducer dan sorbitol sebagai sumber karbon tambahan menunjukkan bahwa metanol 2% dan sorbitol 2% merupakan kondisi optimum ekspresi PT2.

Co-Authors Euis Julaeha IMAN PERMANA MAKSUM KHOMAINI HASAN Lubis, Rubianto A. Masyhuri, Aga Adi Nurmalasari, Ratna Pertiwi, Wulan Rustaman Rustaman Soetijoso Soemitro Sutarya Enus Toto Subroto Upay, Purba Yeni Wahyuni Hartati Yohan Yohan

Title

Found 4 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 4 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 4 Documents
Search