Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menginvestigasi hubungan dan struktur antara harga pasar jagung di tingkat petani dan retail di Indonesia. Penelitian ini mengembangkan dan menguji Threshold Vector Error Correction Model (TVECM) dua regim dengan satu vector kointegrasi dan threshold parameter yang didasarkan pada error correction term. Penelitian ini menggunakan 348 data bulanan harga jagung di tingkat petani dan retail pada periode Januari 1993 sampai Desember 2011. Hasil empiris mengindikasikan bahwa TVECM dengan dua regim merupakan pendekatan yang lebih baik untuk mendeskripsikan hubungan antara harga pasar jagung di tingkat petani dan retail di Indonesia. Hubungan kointegrasi diekspektasikan ketika keseimbangan menurun lebih dari 20.8% atau equilibrium relative markup lebih dari 42.69%. Dalam hal ini, harga retail jagung meningkat lebih cepat daripada harga jagung di tingkat petani untuk mengembalikan kesimbangan jangka panjang antara harga jagung di tingkat petani dan retail. Hasil penelitian penyesuaian asimetris harga pada penelitian ini menunjukkan bahwa relative markup lebih dari 42.69%, hal tersebut akan menguntungkan retailer atau industri makanan dan pakan ternak, tetapi di sisi lain akan merugikan petani dan konsumen jagung. Hasil statistik menunjukkan kekuatan pasar sektor industri makanan dan pakan ternak serta retail telah eksis pada industri jagung di Indonesia. Kata kunci: harga jagung, integrasi pasar, threshold cointegration