Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2019 - 2024
7.935
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Ilmiah Farmasi JURNAL KIMIA SAINS DAN APLIKASI Pharmaciana: Jurnal Kefarmasian Media Farmasi : Jurnal Ilmu Farmasi (Journal Of Pharmaceutical Science) Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi al-Kimiya Journal of Biomedicine and Translational Research The Journal of Pure and Applied Chemistry Research Jurnal Riset Kimia Pharmacon JURNAL FARMASI DAN ILMU KEFARMASIAN INDONESIA Jurnal Farmasi Galenika (Galenika Journal of Pharmacy) Jurnal Biodjati ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia BIOEDUSCIENCE Majalah Farmasi dan Farmakologi (Trends in Pharmacy and Pharmaceutical Sciences) JSFK (Jurnal Sains Farmasi & Klinis) Jurnal Inovasi Hasil Pengabdian Masyarakat (JIPEMAS) Journal of Tropical Pharmacy and Chemistry Molekul: Jurnal Ilmiah Kimia Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Poltekita: Jurnal Pengabdian Masyarakat Pharmaceutical Sciences and Research (PSR) Makara Journal of Science Bandung Conference Series: Pharmacy Borneo Journal of Pharmacy
Taufik Muhammad Fakih
Department Of Pharmacy, Faculty Of Mathematics And Natural Sciences, Universitas Islam Bandung, Bandung, 40116|Universitas Islam Bandung|Indonesia
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Earth & Planetary Sciences Education Energy Engineering Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology Nursing Public Health Other

Published : 61 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 61 Documents
Search

 1   2   3   4   5 
STUDI IN SILICO SENYAWA TURUNAN KURKUMINOID TERHADAP RESEPTOR ANDROGEN SEBAGAI KANDIDAT TERAPI KANKER PROSTAT Nandhy Agustian Luca Pratama; Annisa Meilani; Taufik Muhammad Fakih
Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Vol 4, No 2 (2021)
Publisher : Universitas Islam Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29313/jiff.v4i2.7783

Abstract

Kanker merupakan pertumbuhan sel abnormal yang tidak terkendali di dalam tubuh dan dapat merusak sel normal. Keganasan yang paling sering didiagnosis akibat kanker pada pria ialah kanker prostat. Senyawa turunan kurkuminoid (kurkumin, demestoksikurkumin, dan bisdemetoksikurkumin) diketahui memiliki kemampuan dalam menghambat reseptor androgen. Reseptor androgen ini berperan penting dalam pertumbuhan sel kanker prostat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui afinitas senyawa turunan kurkuminoid yang paling baik terhadap reseptor androgen secara in silico. Penelitian ini menggunakan metode molecular docking dengan tahap awal identifikasi sifat fisikokimia menggunakan server Swiss-ADME, selanjutnya prediksi toksisitas menggunakan perangkat lunak Toxtree versi 3.1.0, optimasi geometri menggunakan perangkat lunak Avogadro versi 1.1.0, validasi dan simulasi molecular docking menggunakan perangkat lunak MGL Tools versi 1.5.6 yang dilengkapi AutoDock Tools versi 4.2, dan pada tahap akhir yaitu analisis hasil molecular docking menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio Visualizer 2019. Berdasarkan hasil penelitian ini telah berhasil dilakukan uji in silicosenyawa turunan kurkuminoid terhadap reseptor androgen. Berdasarkan hasil simulasi molecular docking, senyawa bisdemetoksikurkumin merupakan senyawa yang memiliki afinitas paling baik dibandingkan dengan senyawa lainnya, secara kuantitatif dari hasil docking didapat ikatan energi bebas (∆G) dan konstanta inhibisi (Ki) yang lebih kecil.
Identifikasi Mekanisme Molekuler Senyawa Ftalosianina sebagai Kandidat Photosensitizer pada Terapi Fotodinamika secara In Silico Taufik Muhammad Fakih; Anggi Arumsari; Mentari Luthfika Dewi; Nurfadillah Hazar; Tanisa Maghfira Syarza
ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia Vol 17, No 1 (2021): March
Publisher : UNIVERSITAS SEBELAS MARET (UNS)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20961/alchemy.17.1.41184.37-42

Abstract

Bakteri patogen seperti Pseudomonas aeruginosa membutuhkan zat besi untuk dapat mempertahankan kelangsungan hidupnya. HasAp merupakan suatu protein yang dihasilkan oleh bakteri patogen sebagai sumber zat besi tersebut. Protein HasAp selanjutnya akan berikatan dengan protein membran luar yaitu HasR untuk dapat meneruskan sinyal pada sel bakteri. Penyerapan zat besi pada bakteri patogen ini dapat menjadi strategi pengembangan metode terapi dalam mengendalikan dan mencegah penyakit infeksi yang disebabkan oleh bakteri patogen Pseudomonas aeruginosa, salah satunya dengan memanfaatkan ftalosianina sebagai photosensitizer pada terapi fotodinamika. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengevaluasi, dan mengeksplorasi mekanisme aksi senyawa ftalosianina terhadap protein HasAp, serta pengaruhnya pada bagian sisi aktif HasR dengan menggunakan studi in silico. Studi ligan-protein docking dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2 untuk mengamati afinitas dan interaksi molekuler antara molekul senyawa Fe-ftalosianina (Fe-Pc) dan Ga-ftalosianina (Ga-Pc) terhadap makromolekul protein HasAp. Selanjutnya, studi protein-protein docking dilakukan terhadap sistem kompleks ligan-protein untuk mengamati pengaruhnya terhadap area pengikatan dari makromolekul protein HasR dengan menggunakan perangkat lunak PatchDock. Berdasarkan hasil ligan-protein docking, senyawa Fe-ftalosianina (Fe-Pc) memiliki afinitas paling baik terhadap kedua protein HasAp, yaitu dengan nilai masing-masing -68,45 kJ/mol dan -69,16 kJ/mol. Kemudian, hasil studi protein-protein docking antara kompleks senyawa Fe-ftalosianina (Fe-Pc) dan protein HasAp terhadap protein HasR memiliki nilai Atomic Contact Energy (ACE) positif, yaitu 556,56 kJ/mol. Perbedaan struktur molekul senyawa ftalosianina terbukti mampu mempengaruhi mekanisme aksi terhadap protein target, sehingga hasil studi ini dapat menjadi acuan dalam mendesain struktur senyawa ftalosianina sebagai kandidat photosensitizer dalam terapi fotodinamika.Identification of the Molecular Mechanism of Phthalocyanine Compounds as Photosensitizer Candidates in Photodynamic Therapy by In Silico. Pathogenic bacteria including Pseudomonas aeruginosa need iron elements to be able to maintain their survival. HasAp is a protein produced by pathogenic bacteria as a source of iron. The HasAp protein will then bind to the outer membrane protein, namely HasR, to be able to forward signals in bacterial cells. Absorption of iron in these pathogenic bacteria can be a strategy for developing therapeutic methods in controlling and preventing infectious diseases caused by pathogenic bacteria Pseudomonas aeruginosa, one of which is by using phthalocyanine as a photosensitizer in photodynamic therapy. This study aims to identify, evaluate, and explore the mechanism of action of phthalocyanine compounds against HasAp proteins, and their effects on the active site of HasR through in silico studies. Ligand-protein docking studies were performed using MGLTools 1.5.6 with AutoDock 4.2 to observe the affinity and molecular interactions between molecules of Fe-phthalocyanine (Fe-Pc) and Ga-phthalocyanine (Ga-Pc) against HasAp protein macromolecules. Furthermore, a protein-protein docking study of the ligand-protein complexes system was simulated to observe its effect on the binding area of the HasR protein macromolecules using PatchDock. Based on the ligand-protein docking results, Fe-phthalocyanine (Fe-Pc) compounds have the best affinity for both HasAp proteins, with a binding energy value of -68.45 kJ/mol and -69.16 kJ/mol, respectively. The protein-protein docking study results between the complex compound Fe-phthalocyanine (Fe-Pc) and HasAp protein against HasR protein have a positive Atomic Contact Energy (ACE) value, with an ACE value of 556.56 kJ/mol. Differences in the molecular structure of phthalocyanine compounds are proven to be able to influence the mechanism of action against the target protein. Therefore, the results of this study can be a reference in designing the structure of phthalocyanine compounds as photosensitizer candidates in photodynamic therapy.
Identifikasi Aktivitas Inhibitor Enzim Tirosinase Senyawa Turunan Flavonoid pada Kulit Buah Cokelat (Theobroma cacao L) secara In Silico Sani Ega Priani; Taufik Muhammad Fakih
ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia Vol 17, No 2 (2021): September
Publisher : UNIVERSITAS SEBELAS MARET (UNS)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20961/alchemy.17.2.45317.168-176

Abstract

Limbah kulit buah cokelat diketahui mengandung berbagai senyawa aktif, termasuk di antaranya adalah golongan flavonoid. Senyawa flavonoid diketahui berpotensi memiliki aktivitas inhibitor enzim tirosinase, suatu enzim yang menstimulasi proses pembentukan melanin. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi interaksi antara senyawa flavonoid dari kulit buah cokelat dengan enzim tirosinase menggunakan metode penambatan molekuler secara in silico. Pengujian dilakukan dengan beberapa tahapan yakni preparasi makromolekul enzim, pemodelan molekul senyawa uji, identifikasi sisi aktif molekul enzim, identifikasi dan evaluasi penambatan molekuler, serta simulasi dinamika molekuler senyawa uji dengan molekul enzim. Hasil simulasi penambatan molekuler antara molekul enzim dengan ligan alaminya yakni tirosin memberikan energi ikatan sebesar -4,91 kkal/mol. Senyawa flavonoid dari kulit buah cokelat yakni apigenin, epikatekin, katekin, kaemferol, kuersetin, dan kuersitrin  diketahui memiliki afinitas pada sisi aktif enzim tirosinase dengan energi ikatan berturut turut -6,14; -6,17; -6,01; -5,89; -6,13; -6,81 kkal/mol. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan kuersitrin memiliki stabilitas yang baik dengan nilai RMSD rata-rata dan nilai energi bebas ikatan MM/PBSA masing-masing sebesar ±1,73 Å dan -80,12 kJ/mol. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa turunan flavonoid tersebut mampu berikatan dengan sisi aktif enzim tirosinase dengan afinitas yang lebih baik dibandingkan dengan ligan alaminya diamati dari nilai energi ikatannya. Senyawa turunan flavonoid yang terkandung dalam kulit buah cokelat berpotensi menjadi inhibitor kompetitif dari enzim tirosinase.Identification of In Silico Tyrosinase Inhibitory Activity of Flavonoid Derivative Compounds in Cocoa Pod Husk (Theobroma cacao L.). Cocoa pod husk was known to contain several active compounds, such as flavonoids. Flavonoid compounds are known to potentially have inhibitory activity of the tyrosinase, the enzyme which stimulates melanin synthesis.This study was conducted to evaluate the molecular interaction between flavonoids from cocoa pod husk with tyrosinase enzyme using in silico molecular docking method. The study was carried out through several stages, including preparation of enzyme macromolecules, modeling the molecule of the test compound, identifying the active site of the enzyme molecule, identifying and evaluating molecular docking, and molecular dynamics simulations of the test compound with the enzyme molecule. Molecular docking simulation between the enzyme and its natural ligand (tyrosine) produces binding energy of -4.91 kcal/mol. Flavonoid compounds from cocoa pod husk, including apigenin, epicatechin, catechin, kaempferol, quercetin, dan quercitrin, have an affinity on the active site of the enzyme with binding energy were -6.14; -6.17; -6.01; -5.89; -6.13; -6.81 kcal/mol, respectively. Then the molecular dynamics simulation shows quercitrin has good stability interaction with the average RMSD value and the MM/PBSA binding-free energy values of ±1.73 Å and -80.12 kJ/mol, respectively. The results showed that flavonoids of cocoa pod husc extract have an affinity to the active site of the enzyme, with a stronger binding energy than the original ligand. The flavonoid compounds of cocoa pod husk potential as a competitive inhibitor of the tyrosinase enzyme.
Prediksi Stabilitas Mucroporin sebagai Kandidat Obat Berbasis Peptida melalui Simulasi Dinamika Molekular Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi; Eky Syahroni
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 7, No 3 (2020): J Sains Farm Klin 7(3), Desember 2020
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1071.907 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.7.3.210-217.2020

Abstract

Beberapa peptida yang terkandung dalam racun kalajengking (Lychas mucronatus) menunjukkan beragam aktivitas biologis dengan spesifisitas tinggi terhadap target. Peptida ini memiliki efek potensial terhadap mikroba dan menunjukkan potensi untuk memodulasi berbagai mekanisme biologis yang terlibat dalam imunitas, saraf, kardiovaskular, dan penyakit neoplastik. Keragaman struktural dan fungsional yang penting dari peptida tersebut membuktikan bahwa peptida dari racun kalajengking dapat digunakan dalam pengembangan obat spesifik baru. Melalui penelitian ini akan dilakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap stabilitas peptida Mucroporin yang diproduksi dari racun kalajengking dengan menggunakan simulasi dinamika molekular. Sekuens molekul peptida Mucroporin dimodelkan dengan menggunakan server PEPstrMOD. Konformasi terbaik hasil pemodelan dipilih untuk diamati stabilitasnya dengan menggunakan software Gromacs 2016.3. Trajektori yang terbentuk kemudian dianalisis berdasarkan visulasiasi dengan menggunakan software VMD 1.9.4 serta dilakukan analisis grafik RMSD dan RMSF. Hasil analisis trajektori dari simulasi dinamika molekular membuktikan bahwa molekul peptida Mucroporin-S2 memiliki stabilitas yang paling baik. Dengan demikian, molekul peptida tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat obat berbasis peptida.
Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Asam Ferulat dan Turunannya dari Kulit Buah Nanas (Ananas comosus) sebagai Inhibitor Enzim Tirosinase Taufik Muhammad Fakih; Hilda Aprilia Wisnuwardhani; Mentari Luthfika Dewi; Dwi Syah Fitra Ramadhan; Aulia Fikri Hidayat; Robby Prayitno
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 8, No 2 (2021): J Sains Farm Klin 8(2), Agustus 2021
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (12140.544 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.8.2.208-220.2021

Abstract

Enzim tirosinase merupakan enzim utama pada proses pembentukan pigmen melanin. Penghambatan aktivitas enzim tirosinase secara kompetitif maupun non-kompetitif menjadi kunci utama pengembangan agen pencerah kulit. Asam ferulat merupakan salah satu senyawa antioksidan yang kuat dan mampu melindungi kulit dari dampak buruk sinar UV yang menginduksi stress oksidatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi interaksi molekuler antara senyawa asam ferulat dari kulit buah nanas (Ananas comosus) dan turunannya dengan enzim tirosinase menggunakan motode dinamika molekuler. Molekul senyawa uji dimodelkan menggunakan perangkat lunak Quantum ESPRESSO v.6.6. Model terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Konformasi terbaik hasil penambatan molekuler kemudian dikonfirmasi stabilitasnya dengan simulasi dinamika molekuler menggunakan perangkat lunak Gromacs 2016.3. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler, senyawa asam iso-ferulat memiliki afinitas yang paling baik, yaitu dengan nilai energi bebas ikatan −25,06 kJ/mol dan memilki ikatan dengan logam seng (Zn) pada sisi aktif enzim tirosinase. Kemudian senyawa tersebut memiki stabilitas interaksi yang baik berdasarkan grafik RMSD, RMSF, Rg, SASA, RDF, dan H-Bond. Dengan demikian, senyawa asam iso-ferulat diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor kompetitif dan non-kompetitif enzim tirosinase
Desain Primer Gen 12S sRNA dari DNA Mitrokondria Babi (Sus scrofa) secara In Silico sebagai Kandidat Primer dalam Analisis Molekuler Kehalalan Produk Taufik Muhammad Fakih; Salsabilla Wijaya; Sani Ega Priani
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 8, No 3 (2021): J Sains Farm Klin 8(3), Desember 2021
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (772.051 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.8.3.316-322.2021

Abstract

Beberapa produk seperti obat, makanan, dan kosmetika khususnya kolagen dapat berpotensi mengandung turunan babi sehingga diperlukan adanya analisis kehalalan. . Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan metode yang dapat digunakan untuk melakukan analisis sampel secara molekuler. Tujuan dari penelitian ini adalah mendesain kandidat primer dari gen 12S rRNA babi secara in silico. . Metode yang digunakan adalah penelusuran data gen 12S rRNA melalui situs National Center for Biotechnology Information (NCBI), kemudian sekuen gen 12S rRNA dianalisis menggunakan server web Integrated DNA Technologies (IDT) dan MFEprimer-3.1 untuk dilakukan pemilihan kandidat primer terbaik. Kandidat primer terpilih kemudian diidentifikasi menggunakan server web SnapGene Viewer untuk mengamati kemampuan penempelan kandidat primer pada sekuen target. Pada tahap terakhir dilakukan evaluasi kandidat primer menggunakan server web OligoAnalyzer™ Tool agar diperoleh pasangan kandidat primer terbaik yang memenuhi kriteria primer yang baik. Kandidat primer yang terbaik adalah primer forward rRNA-5 (5’ GTACTACTCGCAACTGCCTAAA 3’) dan primer reverse rRNA-6 (5’GCAAGGGTTGGTAAGGTCTATC 3’) karena memenuhi persyaratan primer ideal. . Dengan demikian, kandidat primer tersebut dapat digunakan untuk karakterisasi sampel secara in vitro menggunakan teknik PCR.
Studi Interaksi Senyawa Turunan Saponin dari Daun Bidara Arab (Ziziphus spina-christi L.) sebagai Antiseptik Alami secara In Silico Fitrianti Darusman; Taufik Muhammad Fakih
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 7, No 3 (2020): J Sains Farm Klin 7(3), Desember 2020
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1573.842 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.7.3.229-235.2020

Abstract

Christinin merupakan senyawa turunan glikosida saponin yang paling banyak terdapat dalam daun bidara arab (Ziziphus spina-christi L.). Terdapat empat tipe christinin yaitu christinin-A, B, C, dan D yang diduga memiliki aktivitas sebagai antimikroba yang efektif terhadap bakteri dan jamur, seperti Staphylococcus epidermidis, Echerichia coli, dan Candida albicans yang sering menyebabkan infeksi pada permukaan kulit yang biasanya dapat diatasi dengan penggunaan cairan antiseptik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengevaluasi serta mengeksplorasi afinitas dan interaksi molekular antara senyawa christinin-A, B, C, dan D terhadap makromolekul target pada Staphylococcus epidermidis, Echerichia coli dan Candida albicans dengan menggunakan simulasi penambatan molekular secara in silico. Molekul senyawa uji terlebih dahulu dioptimasi geometri dengan menggunakan perangkat lunak GaussView 5.0.8 dan Gaussian09. Konformasi terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul target dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Interaksi yang terbentuk selanjutnya diamati dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020.  Berdasarkan hasil dari simulasi penambatan molekular, senyawa christinin memiliki afinitas yang baik terhadap makromolekul target pada Staphylococcus epidermidis, Echerichia coli dan Candida albicans. Dengan demikian, senyawa tersebut diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat komponen utama dari antiseptik alami.
Identifikasi Mekanisme Molekuler Senyawa Bioaktif Peptida Laut sebagai Kandidat Inhibitor Angiotensin-I Converting Enzyme (ACE) Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
Jurnal Sains Farmasi & Klinis Vol 7, No 1 (2020): J Sains Farm Klin 7(1), April 2020
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Andalas

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (2086.504 KB) | DOI: 10.25077/jsfk.7.1.76-82.2020

Abstract

Senyawa bioaktif peptida laut saat ini menjadi fokus penelitian karena memiliki sifat yang unik. Salah satu peran biologis penting dari senyawa peptida tersebut adalah sebagai agen antihipertensi terhadap aktivitas Angiotensin-I Converting Enzyme (ACE). Terdapat beberapa senyawa peptida yang telah terbukti mampu menghambat reseptor ACE, seperti senyawa peptida yang dihasilkan oleh teripang (Acaudina molpadioides), kerang biru (Mytilus edulis), dan ikan tuna (Thunnini). Dalam penelitian ini dilakukan identifikasi dan evaluasi terhadap interaksi yang terjadi antara senyawa peptida dengan reseptor ACE menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sequencing senyawa peptida dimodelkan terlebih dahulu menggunakan server PEP-FOLD. Konformasi terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul reseptor ACE menggunakan software PatchDock. Interaksi yang terjadi diamati lebih lanjut menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2020. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler berbasis protein-peptida, senyawa peptida kerang biru dan ikan tuna memiliki afinitas yang baik terhadap reseptor ACE, yaitu dengan ACE score masing-masing adalah −391,62 kJ/mol dan −516,56 kJ/mol. Dengan demikian, senyawa bioaktif peptida laut tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat inhibitor reseptor ACE berbasis peptida
Identifikasi Interaksi Molekuler Peptida Antimikrobial dari Lendir Kulit Ikan Lele Kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terhadap Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli secara In silico Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
BIOEDUSCIENCE Vol 4 No 1 (2020): BIOEDUSCIENCE
Publisher : Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1010.794 KB) | DOI: 10.29405/j.bes/4148-554951

Abstract

Background: Lendir kulit ikan baru-baru ini dikenal sebagai sumber potensial peptida antimikrobial yang berfungsi untuk memberikan pertahanan pertama terhadap bakteri patogen, seperi Escherichia coli. Beberapa peptida antimikrobial yang dihasilkan oleh lendir kulit ikan lele kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terbukti mampu menghambat Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli, antara lain Pelteobagrin, Myxinidin, Pleurocidin, dan Pardaxin-P1. Metode: Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap interaksi molekuler antara molekul peptida antimikrobial dengan Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sekuensing peptida antimikrobial terlebih dahulu dimodelkan ke dalam bentuk konformasi 3D menggunakan server PEP-FOLD. Konformasi terbaik hasil pemodelan dipilih untuk selanjutnya dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan perangkat lunak PatchDock. Interaksi yang terbentuk kemudian diamati lebih lanjut menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Hasil: Hasil dari penambatan molekuler menunjukkan bahwa peptida Pardaxin-P1 memiliki afinitas paling baik, yaitu dengan ACE score −1402,39 kJ/mol. Kesimpulan: Dengan demikian, peptida antimikrobial tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat antimikroba alami.
Identifikasi Mekanisme Fungsional Senyawa Bioaktif Peptida dari Organisme Laut sebagai Inhibitor Alami Angiotensin-I Converting Enzyme (ACE) secara In silico Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
Majalah Farmasi dan Farmakologi Vol. 24 No. 1 (2020): MFF
Publisher : Faculty of Pharmacy, Hasanuddin University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (671.227 KB) | DOI: 10.20956/mff.v24i1.9647

Abstract

Inhibitor alami Angiotensin-I Converting Enzyme (ACE) berbasis peptida bioaktif saat ini menjadi fokus penelitian karena sifatnya yang unik dan memilki berbagai peran biologis penting diantaranya adalah sebagai kandidat pengobatan hipertensi. Terdapat beberapa peptida bioaktif yang dihasilkan oleh organisme laut dan telah terbukti mampu menghambat enzim ACE, antara lain peptida bioaktif yang berasal dari udang (SV, IF, dan WP) serta peptida bioaktif yang berasal dari ikan hiu (CF, EY, MF, dan FE). Pada penelitian ini dilakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap interaksi yang terjadi antara molekul peptida bioaktif dengan makromolekul ACE secara in silico menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sekuensing peptida bioaktif dimodelkan menjadi konformasi 3D terlebih dahulu menggunakan software PEP-FOLD. Konformasi terbaik dipilih untuk kemudian dilakukan studi interaksi molekuler terhadap makromolekul ACE menggunakan software PatchDock. Interaksi molekuler yang terjadi diamati lebih lanjut menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2020.  Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler berbasis protein-peptida, peptida bioaktif CF dan IF yang berasal dari udang dan peptida bioaktif MF yang berasal dari ikan hiu memiliki afinitas yang baik, yaitu dengan ACE score masing-masing adalah −380,62 kJ/mol, −436,43 kJ/mol, dan −349,91 kJ/mol. Dengan demikian, peptida bioaktif laut tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat inhibitor alami enzim ACE berbasis peptida sebagai alternatif antihipertensi.
Co-Authors Adryan Fristiohady Akmal Syihabuddin Aldhiya Nurshafa Huwaida Alivia Dyanira Anggi Arumsari Annisa Fitriyani Suryana Annisa Meilani Annisa Meilani Arfan Arfan Arini Nabila Putri Aulia Fikri Hidayat Budi Prabowo Soewondo Dewi, Mentari Luthfika Dewi, Mentari Luthfika Diar Herawati Dina Mulyanti Dina Mulyanti Dwi Syah Fitra Ramadhan Eky Syahroni Faqih Radina Faqih Radina Farendina Suarantika Farendina Suarantika Firda Aulia Jannati Firliani Dwiputri Fitrianti Darusman Gina Fuji Nurfarida Gita Cahya Eka Darma Hilda Aprilia, Hilda Latifa Hana Silfadani Lina Jamilah Liza Dzulhijjah Marillia, Viola Mentari Luthfika Dewi Muhammad Fillah Nabila Shofura Mahardhika Nadhifah Mauludia Rinaldie Nandhy Agustian Luca Pratama Nawang Wulan Rachmatillah Prastowo Putri Nurfadillah Hazar Putri, Nawang Wulan Rachmatillah Prastowo Resty Imfyani Sofyan Ridwan Wijaya Rizki Nuzulfikri Rizki Nuzulfikri Robby Prayitno Robby Prayitno Robby Prayitno Rohayah Rohayah Salsabilla Wijaya Sani Ega Priani Sellygani Budi Vaelani Sintya Suherlan Siti Ainun Rohaniah Siti Hardianti Syahrizal Nazala Sylvie Kurniasih Tanisa Maghfira Syarza Teti Sofia Yanti Trully Nouval Larasati Viola Marillia