Fungi endofit memiliki kemampuan untuk menghasilkan senyawa bioaktif baik yang sama maupun tidak sama dengan inangnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas antimikroba dari fungi endofit yang diperoleh dari akar mangrove Avicennia marina dari Desa Tanjung Rejo dan untuk mengetahui jenis fungi endofit yang memiliki aktivitas antimikroba tertinggi. Uji aktivitas antimikroba menggunakan metode Kirby-Bauer dengan empat tahap penelitian yaitu isolasi, karakterisasi, kultivasi dan ekstraksi fungi endofit, dan uji aktivitas antimikroba dari fungi endofit terhadap bakteri Vibrio cholerae, Bacillus subtilis dan fungi Trichophyton rubrum. Hasil isolasi dan pemurnian diperoleh tiga isolat fungi endofit dengan kode isolat L1P1, L1P4 dan L2P2. Uji aktivitas antimikroba isolat L2P2 merupakan isolat yang memiliki aktivitas antibakteri tertinggi terhadap bakteri Vibrio cholerae sebesar ± 3,8 mm dan terhadap bakteri Bacillus subtilis sebesar ± 18,3 mm, sedangkan isolat L1P1 merupakan isolat yang memiliki aktivitas antifungal tertinggi terhadap fungi Trichophyton rubrum dengan zona hambat sebesar ± 4,1 mm. Berdasarkan hasil identifikasi isolat L1P1 merupakan genus Aspergillus sp dan isolat L2P2 merupakan genus Penicilium sp. Kata Kunci : Aktivitas Antimikroba, Fungi endofit, Akar, Avicennia marina