Penggunaan tanaman jagung yang toleran terhadap salinitas merupakan langkah praktis dan ekonomis, sehingga perlu perakitan varietas jagung toleran salinitas dan berdaya hasil tinggi.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui respon beberapa genotipe jagung respon beberapa genotipe jagung tahap perkecambahan dan pertumbuhan awal terhadap salinitas. Penelitian ini di laksanakan di Tarakan, mulai bulan Oktober sampai dengan Desember 2012, menggunakan Rancangan Acak Kelompok 2 faktor yaitu faktor genotip jagung (G) dan faktor konsentrasi NaCl (K). Faktor Genotipe jagung (G) terdiri dari 4 aras yaitu : G1 (hasil persilangan varietas NK 33 x Bisi 12), G2 (hasil persilangan varietas NK 33 x DK 979), G3 (hasil persilangan P3 x Bisi 12), G4 (hasil persilangan DK 979 x Bisi 12). Faktor Konsentrasi NaCl (K) yang terdiri dari 4 aras yaitu : K0 (NaCl 0 ppm), K1 (NaCl 500 ppm), K2 (NaCl 1000 ppm), K3 (NaCl 1500 ppm).Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan salinitas (kosentrasi NaC) dan perbedaan genotip berpengaruh tidak nyata terhadap parameter laju perkecambahan (hari), persentase perkecambahan benih (%), dan tinggi bibit (cm). Perlakuan salinitas (kosentrasi NaCl) berpengaruh nyata terhadap parameter tinggi bibit (cm) dan panjang akar utama bibit (cm), tetapi perbedaan genotip berpengaruh tidak nyata.