Penelitian ini dilakukan sejak bulan Juli hingga Desember 2009 yang bertujuan untuk mengetahui karakteristik komunitas lamun di Selat Lonthoir, Kepulauan Banda, Maluku. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa padang lamun di daerah ini termasuk heterospesifik yang terdiri dari 7 (tujuh) spesies, dengan kerapatan jenis tertinggi adalah Cymodocea rotundata di stasiun I dan II serta Thalassia hemprichii di stasiun III. Frekuensi kehadiran relatif tertinggi di stasiun II dan II adalah C. rotundata (56,7% dan 42,8%) sedangkan di stasiun III adalah T. hemprichii (39,8%). Penutupan relatif jenis lamun di stasiun I dan II didominasi oleh C. rotundata masing-masing sebesar 58,39% dan 44,34% sedangkan di stasiun III T. hemprichii merupakan jenis yang memiliki nilai penutupan relative tertinggi yaitu 44,39%.