Claim Missing Document
Check
Articles

Found 38 Documents
Search

Respon Kecambah Padi (Oryza sativa L.) Asal Bengkalis, Riau Terhadap Cekaman Garam Roslim, Dewi Indriyani; Anandia, Rahmi; -, Herman
Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Vol 7, No 1 (2015): March 2015
Publisher : Department of Biology, Faculty of Mathematics and Sciences, Semarang State University . Ro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15294/biosaintifika.v7i1.3539

Abstract

Varietas padi yang tahan terhadap cekaman garam sangat diperlukan untuk mengatasi masalah cekaman garam di wilayah pesisir pantai. Penelitian ini bertujuan menganalisis respon pertumbuhan akar dan tajuk serta pertambahan biomassa akar dan tajuk dari enam varietas padi pada fase kecambah. Varietas padi lokal yang digunakan berasal dari Kecamatan Bantan, Kabupaten Bengkalis, yaitu Amat Candu, Sadani, Solok, dan Yamin. Dua varietas pembanding yang digunakan adalah IR64 yang tidak tahan dan Indragiri yang tahan terhadap cekaman garam. Penelitian dilakukan menggunakan Rancangan Acak Kelompok dengan dua faktor dan tiga kali ulangan. Faktor pertama adalah konsentrasi NaCl, yaitu 0 mM, 15 mM, 30 mM, dan 45 mM. Faktor kedua adalah varietas padi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa di antara empat varietas lokal yang diuji, varietas Amat Candu memberikan respon pertumbuhan dan biomassa akar paling baik sehingga dapat digolongkan ke dalam varietas padi yang moderat terhadap cekaman garam; sedangkan tiga varietas padi lainnya, yakni Solok, Sadani, dan Yamin tergolong tidak tahan cekaman garam. Pertumbuhan akar kecambah padi pada perlakuan cekaman garam 30 mM merupakan karakter yang dapat membedakan ketahanan terhadap cekaman garam. Oleh karena itu pertumbuhan akar kecambah pada cekaman garam 30mM disarankan untuk digunakan dalam penapisan varietas padi untuk ketahanan terhadap cekaman garam.Salt tolerant rice varieties is needed to overcome the problem of salt stress on coastal areas. This study aimed to analyze the roots and canopy growth of six rice varieties at germination stage. Four local rice varieties used derived from District of Bantan, Bengkalis, i.e. Amat Candu, Sadani, Solok, and Yamin. Two control varieties, IR64 and Indragiri, were used as salt sensitive and salt tolerance, respectively. The study was conducted using a randomized block design with two factors and three replications. The first factor was concentration of NaCl, i.e. 0 mM, 15 mM, 30 mM, and 45 mM. The second factor was the rice variety. The results showed that among four local varieties tested, Amat Candu varieties had best root growth and biomass; therefore it can be classified into a moderate tolerance to salt stress; while three others, i.e. Solok, Sadani, and Yamin classified as salt sensitive varieties. Seedling root growth at 30 mM salt stress treatment could differentiate the salt resistance salt. Hence, the growth of seedling root on salt stress 30 mM is recommended for use in rice varieties screening for resistance to salt stress.
Karakter Morfologi dan Pertumbuhan Tiga Jenis Cacing Tanah Lokal Pekanbaru pada Dua Macam Media Pertumbuhan Roslim, Dewi Indriyani; Nastiti, Dini Septya; -, Herman
Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Vol 5, No 1 (2013): March 2013
Publisher : Department of Biology, Faculty of Mathematics and Sciences, Semarang State University . Ro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15294/biosaintifika.v5i1.2567

Abstract

Limbah organik dari limbah rumah tangga, pertanian, perkebunan, dan peternakan sering menimbulkan masalah, karena mencemari lingkungan. Cacing tanah dapat menggunakan limbah organik tersebut sebagai media pertumbuhannya dan juga merombaknya menjadi pupuk kasting. Penelitian ini bertujuan menganalisis pertumbuhan tiga jenis cacing tanah yang ditemui di kota Pekanbaru pada dua media pertumbuhan. Tiga jenis cacing tanah yang diteliti adalah Amynthas aspergillum (Cacing Gila Bodoh), Perionyx sp1 (Cacing Merah), dan Perionyx sp2 (Cacing Susu). Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Faktorial Lengkap. Masing-masing cacing tanah ditumbuhkan pada dua media, yaitu serasah dan campuran kotoran sapi+tanah, di dalam pot plastik. Medium tanpa cacing tanah digunakan sebagai kontrol. Hasil penelitian menunjukkan cacing tanah Amynthas aspergillum (Cacing Gila Bodoh), Perionyx sp1 (Cacing Merah), dan Perionyx sp2 (Cacing Susu) memiliki perbedaan karakter morfologi pada panjang tubuh, warna kulit, jumlah segmen, tipe prostomium, jumlah seta per segmen, warna dan posisi klitellum, posisi dan jumlah lubang jantan. Medium campuran kotoran sapi+tanah lebih cocok untuk pertumbuhan Perionyx sp2 (Cacing Susu), media serasah untuk pertumbuhan Amynthas aspergillum (Cacing Gila Bodoh), dan media kotoran sapi saja tanpa penambahan tanah untuk Perionyx sp1 (Cacing Merah).Organic waste produced from household, agriculture, plantation, and animal husbandry may cause environmental pollution. Earthworms can utilize this organic waste for their growth medium and decompose them to produce casting fertilizer. The objective of this study was to analyze the growth of three earthworm species from Pekanbaru using two types of media, i.e. Perionyx sp1 (Cacing Merah), Perionyx sp2 (Cacing Susu), and Amynthas aspergillum (Cacing Gila Bodoh). All these earthworms were grown in litter media and manure-soil mixture. Media without the earthworms were used as control. The experiment design used in this study was Full Factorial Random Design. The results showed Amynthas aspergillum (Cacing Gila Bodoh), Perionyx sp1 (Cacing Merah), dan Perionyx sp2 (Cacing Susu) had distinct morphological characters such as the body length, skin colour, segment number, prostomium type, setae number per segment, clitellum colour and position, and also the number and position of male genital hole. The most suitable medium for each Amynthas aspergillum (Cacing Gila Bodoh), Perionyx sp1 (Cacing Merah), and Perionyx sp2 (Cacing Susu) were litter, cow manure, and cow manure+soil mixture media, respectively.
An Analysis of Partial DNA Sequence of Meisa1 Gene on Sweet and Bitter Cassavas (Manihot esculenta Crantz.) Roslim, Dewi Indriyani; Nisa, Fitriyatun; Herman, Herman
Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Vol 8, No 1 (2016): March 2016
Publisher : Department of Biology, Faculty of Mathematics and Sciences, Semarang State University . Ro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15294/biosaintifika.v8i1.5365

Abstract

Sweet and bitter taste on cassava tuber is affected by starch metabolisms. Meisa1 gene is a gene in cassava (Manihot esculenta Crantz.) encoding isoamylase1 enzyme involved in starch metabolisms. This study aimed to analyze partial DNA sequences of Meisa1 gene on sweet and bitter cassavas collected by Genetics Laboratory, Department Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Riau University, Indonesia. Methods included total DNA extraction from fresh young leaves of cassava using CTAB buffer, polymerase chain reaction (PCR), electrophoresis, and sequencing. The obtained data were analyzed using MEGA software version 5. The results showed that there were nucleotide variations in the intron region, not in the exon region. The variations were caused by the transition substitution mutation (35.39%) and transversion substitution mutation (64.61%). The genetic distance range between seven cassava genotypes was approximately 0% to 11%. Partial DNA sequence variations of Meisa1 gene located in intron region were unable to cluster seven cassava genotypes separately into two groups based on tuber taste.How to CiteRoslim, D., Nisa, F., & Herman, H. (2016). An Analysis of Partial DNA Sequence of Meisa1 Gene on Sweet and Bitter Cassavas (Manihot esculenta Crantz.). Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education, 8(1) 103-110.
Application of rps16 Intron and trnL-trnF Intergenic Spacer Sequences to Identify Rengas Clone Riau Roslim, Dewi Indriyani; Herman, Herman
Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Vol 9, No 2 (2017): August 2017
Publisher : Department of Biology, Faculty of Mathematics and Sciences, Semarang State University . Ro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15294/biosaintifika.v9i2.9108

Abstract

Rengas clone Riau has been identified using morphological characters and molecular technique with a psbA-trnH intergenic spacer, however, this method can only determine its taxonomic status at genus level, namely Gluta sp. This study reports application two DNA barcodes, i.e. rps16 intron and trnL-trnF intergenic spacer, to identify Rengas clone Riau. The methods included collection of the leaves from Kajuik Lake, total DNA isolation, electrophoresis, PCR (polymerase chain reaction), gel purification and sequencing. The rps16 intron size was 659 bp and the trnL-trnF intergenic spacer was 527 bp. The BLASTn analysis showed that sequences of the rps16 intron and the trnL-trnF intergenic spacer of Gluta sp clone Riau had 100% similarity to those of G. renghas deposited in GenBank. These results were supported by high max score, high total score, query cover = 100%, and E-value = 0. The dendrograms also showed the closest relationship of Gluta sp clone Riau with G. renghas deposited in GenBank compared to other species of Gluta. In conclusion, this study succeeded in identifying Rengas clone Riau as Gluta renghas by using sequences of the rps16 intron and the trnL-trnF intergenic spacer. A combination of DNA barcodes could be applied to identify various plants as long as the database for the DNA barcodes is available in public database such as GenBank.
Teknik Isolasi DNA Total pada Tumbuhan Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus) dari Provinsi Riau KHUMAIROH, SITI; ROSLIM, DEWI INDRIYANI; , HERMAN
Jurnal Riau Biologia Vol 1, No 2 (2016)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus) merupakan tumbuhan endemik daerah paparan banjiran provinsi Riau. Tumbuhan E. floribundus berperan penting menjaga keseimbangan ekosistem paparan banjiran. Tumbuhan ini dapat dikonsumsi, digunakan sebagai obat, pakan ternak dan kayu bakar. Informasi molekuler spesies endemik paparan banjiran Provinsi Riau masih sangat terbatas. Tahapan awal analisis molekuler adalah isolasi DNA. Penelitian ini bertujuan mengisolasi DNA tumbuhan E.floribundus yang berguna untuk analisis selanjutnya. Metode penelitian meliputi pengambilan sampel, isolasi DNA total dan elektroforesis. Isolasi DNA dilakukan mengikuti Shaghai- Maroof et al., Porebski et al, , dan DNAeasy plant mini kit from Qiagen.. Hasil menunjukkan bahwa metode Porebski et al. merupakan metode yang tepat untuk isolasi DNA dari E.floribundus. Metode yang digunakan ini, menghasilkan DNA utuh ditandai dengan pita yang tebal.
Analisis Sekuen Ekson 6-8 dari Gen Ferritin pada Tiga Varietas Padi (Oryza sativa l.) Asal Kecamatan Bantan, Bengkalis - Riau ROSLIM, DEWI INDRIYANI; DEANESIA, DITA; , HERMAN
Jurnal Riau Biologia Vol 1, No 1 (2016)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

One of the obstacles encountered in Bengkalis agricultural is the high content of Fe in the soil. Fe ionscan cause toxicity in plants if it is accumulated in an amount exceeding the tolerable limit of the plant.This study was aimed to compare the nucleotide sequences of the ferritin2 gene in some rice genotypesfrom Riau commonly growing in tidal land in Bengkalis with Fe-overload-tolerant rice variety (Mahsuri)and national rice variety which was Fe- overload -sensitive (IR64). The research was conducted at theGenetic Laboratory, Faculty of Mathematical and Natural Sciences, Riau University from January to May2014. The methods included DNA isolation, PCR, electrophoresis, and sequencing. DNA sequence dataanalysis was performed by using the BLAST and MEGA programs. This study got ± 750 bp DNAfragment of the ferritin2 gene which covering exons 6-8. Total number of SNPs obtained are as many as53 pieces and only found in introns and exons six. The farthest genetic distance was between Mahsuri andAmat Candu (0.171), followed by Sadani and Opium Amat (0.164). The shortest genetic distance wasbetween Korea and IR64 and also Sadani. Korea had the shortest distance to Nipponbare, otherwiseAmat Candu was the farthest distance from Nipponbare. Based on exons 6 to 8 sequence, Amat Canduwas classified as Fe- overload -sensitive rice variety, whereas Korea was a Fe- overload-tolerant ricevariety. Sadani was Fe-overload-moderate rice variety.Keywords : Riau, PCR, ferritin gene, Oryza sativa¸ tidal land
Isolasi DNA Total dan Optimasi Suhu Annealing Pada Amplifikasi Fragmen COX2 Mitokondrial Ikan Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) dari Sungai Kampar Provinsi Riau PUTRI PANJAITAN, KHAIRIZA UMAMI; ELVYRA, ROZA; ROSLIM, DEWI INDRIYANI
Jurnal Riau Biologia Vol 1, No 2 (2016)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Sungai paparan banjir yang ada di provinsi Riau memiliki ciri khas yaitu memiliki keunikan habitat dan fauna, salah satu jenis ikan yang hidup di sungai paparan banjir Riau adalah ikan yang berasal dari genus Kryptopterus yang perlu dijaga kelestariannya. Isolasi DNA total merupakan teknik yang digunakan untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sampel. Molekul DNA total dan fragmen COX2 mitokondrial dari ikan Kryptopterus limpok yang didapatkan kemudian akan digunakan untuk penelitian analisis keanekaragaman genetik sebagai salah satu usaha konservasi terhadap ikan jenis ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi DNA dan menentukan suhu annealing untuk gen COX2 pada K. limpok. Sampel K. limpok berasal dari sungai paparan banjir yang ada di Provinsi Riau, yaitu Sungai Kampar. Otot yang digunakan untuk isolasi berasal dari bagian ekor ikan. Proses isolasi dan purifikasi dilakukan dengan menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen Proses amplifikasi menggunakan 4 pasang primer. Proses isolasi menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen menghasilkan DNA total yang utuh dan tidak smear yang digunakan sebagai cetakan untuk tahap amplifikasi. Pasangan primer COX2_SA_F1 dan COX2_SA_R1 dengan suhu annealing 49ºC merupakan pasangan primer yang tepat untuk amplifikasi fragmen COX2 ikan K. limpok. 
Optimasi Isolasi DNA Tumbuhan Durik-durik dari Danau Paparan Banjir Kajuik di Kecamatan Langgam, Kabupaten Pelalawan, Provinsi Riau NURKHAIRANI, PUTRI; ROSLIM, DEWI INDRIYANI; HERMAN, HERMAN
Jurnal Riau Biologia Vol 2, No 1 (2017)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Durik-durik (Syzygium sp) merupakan salah satu vegetasi yang ada di ekosistem paparan banjir dari Danau Kajuik di Kecamatan Langgam, Kabupaten Pelalawan, Provinsi Riau. Setiap jenis tanaman memiliki kandungan senyawa metabolit sekunder yang berbeda-beda, sehingga membutuhkan teknik isolasi DNA yang berbeda juga. Tujuan dari penelitian ini untuk mendapatkan metode isolasi DNA yang optimal pada tumbuhan Durik-durik, yang memiliki senyawa polisakarida dan polifenol yang tinggi. Metode penelitian meliputi pengambilan sampel, isolasi DNA total tumbuhan Durik-durik dengan tiga cara yaitu, Saghai- Maroof et al. (1984), Porebski et al. (1997), isolasi DNA menggunakan DNEasy Plant Mini Kits, dan elektroforesis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolasi DNA total menggunakan DNEasy Plant Mini Kits adalah cara yang tepat untuk isolasi DNA tumbuhan Durik-durik. Metode ini mampu menghasilkan fragmen DNA dengan kualitas yang lebih baik setelah dielektroforesis dan dilihat dibawah UV transiluminator.
Isolasi DNA Total Dan Optimasi Suhu Annealing Untuk Primer COX2 Pada Ikan Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) Asal Sungai Indragiri Hulu Riau SARAGIH, JESSICA RODEARNI; ELVYRA, ROZA; ROSLIM, DEWI INDRIYANI
Jurnal Riau Biologia Vol 1, No 2 (2016)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Ikan selais Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) merupakan fauna khas sungai paparan banjir yang perlu dilestarikan. Teknik molekuler yang berkembang saat ini memungkinkan eksplorasi penanda genetik. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk isolasi dan mengamplifikasi DNA mitokondrial (mtDNA) yang dapat digunakan untuk menunjang usaha konservasi dan perlindungan sumber daya genetik fauna paparan banjir. Otot dari setiap sampel ikan diisolasi DNA totalnya, lalu dilakukan optimasi primer COX2 dengan teknik PCR menggunakan empat pasang primer COX2. Molekul DNA total pada ikan O. eugeneiatus telah didapatkan sesuai dengan protokol dari kit isolasi DNA DNeasy Blood and Tissue dari Qiagen. Pasangan primer COX2_SA_F1 dan COX2_SA_R1 dengan suhu annealing 49 oC menghasilkan pita yang paling baik dalam visualisai hasil optimasi primer dengan ukuran 660pb pada O. eugeneiatus sehingga dapat digunakan sebagai primer dalam mendapatkan fragmen COX2 dengan menggunakan teknik PCR.
Karakter Agronomi Tanaman Kacang Hijau (Vigna radiata L.) Galur 3 dan 6 asal Kampar pada Generasi Kelima PATMASARI, MUDRIKA; HERMAN, HERMAN; ROSLIM, DEWI INDRIYANI
Jurnal Riau Biologia Vol 3, No 1 (2018)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tanaman kacang hijau asal Kampar galur G3 dan G6 pada generasi keempat merupakan tanamanyang berpotensi untuk dikembangkan. Galur G3 menghasilkan jumlah polong terbanyak dan jumlah bijiper polong terbanyak. Sementara galur G6 menghasilkan bobot polong terberat. Tujuan penelitian iniadalah untuk menentukan karakteristik agronomi tanaman kacang hijau (Vigna radiata L.) asal Kampardari galur 3 dan 6 pada generasi kelima. Penelitian ini dilaksanakan dari mulai bulan Februari hingga Juli2017 di kebun biologi dan Laboratiorium Genetika, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam,Universitas Riau. Penelitian ini menggunakan 3 galur kacang hijau, yaitu Galur 0 (tetua) dengan jumlah100 tanaman, Galur 3 dan Galur 6 masing-masing 250 tanaman. Karakter yang diamati meliputi tinggitanaman, jumlah cabang produktif, umur berbunga, umur panen, jumlah polong, panjang polong, jumlahbiji, bobot biji, bobot 100 biji, warna polong, dan kilau biji. Data yang diperoleh dianalisis (ANOVA) dandiuji lanjut menggunakan Duncan’s Multiple Range Test (DMRT). Hasil penelitian menunjukan beda nyatapada karakter jumlah biji, waktu panen, dan bobot 100 biji. Nilai heritabilitas cenderung sedang yaituberisar antara 0,460-0,917.Galur G3 merupakan tanaman dengan jumlah polong dan jumlah biji per polongterbanyak. Galur G6 memiliki warna polong yang sudah relatif stabil dibandigkan dengan G0 dan G3. GalurG3 dapat dijadikan tetua dalam program pemuliaan kacang hijau.