Pelayanan kesehatan di Puskesmas ialah suatu sistem yang efektif dalam mencapai tujuan pada bentuk struktur organisasi puskesmas maupun mekanisme yang berperan dalam kelancaraan pelayanan, selama masa pandemi covid-19 organisasi di puskesmas diarahkan untuk mengubah alur pelayanan, jam operational puskesmas, penggunaan masker secara benar, prosedur pencegahan yang lebih ketat dan juga pada batasan pada jumlah pasien atau pendamping pasien pada saat melakukan pemeriksaan di fasilitas kesehatan. Penelitian memiliki tujuan untuk melihat dan mengetahui korelasi antara faktor organisasi dan tenaga kesehatan dengan pelayanan kesehatan di Puskesmas Paniki Bawah selama masa pandemi Covid-19 di Kota Manado. Metode dalam penelitian adalah desain penlitian kuantitatif dengan rancangan cross sectional study dilaksanakan di Puskesmas Paniki Bawah pada bulan Mei 2022. Teknik pengambilan sampel yang dipergunakan ialah purposive sampling dengan jumlah sampel sebesar 200orang. Pengolahan data memakai uji chi-square. Hasilnya diperoleh adanya kaitan antara faktor organisasi dengan pelayanan kesehatan selama masa pandemi covid-19 dengan P value 0,002 sehingga nilai p < 0,05 dan ada hubungan antara tenaga kesehatan dengan pelayanan kesehatan selama masa pandemi covid-19 dengan P value 0,000 sehingga nilai p < 0,05. Kesimpulan terdapat hubungan antara faktor organisasi dengan pelayanan kesehatan pada masa pandemi covid-19 dan terdapat hubungan antara tenaga kesehatan dengan pelayanan kesehatan pada masa pandemi covid-19.