Estuari Sungai Musi merupakan perairan semi tertutup yang dipengaruhi oleh dinamika pasang surut sehingga hanya beberapa biota khas yang mampu bertahan hidup di kawasan ini. Penelitian ini bertujuan untuk memahami tingkat biodiversitas kelompok gastropoda dan krustasea yang hidup pada zona intertidal estuari Sungai Musi. Pengambilan sampel dilakukan pada Bulan November 2021 di 5 titik stasiun pengamatan dengan metode transek kuadrat. Pengukuran kualitas perairan dilakukan meliputi suhu, pH, oksigen terlarut, dan salinitas. Hasil penelitian menunjukkan bahwa komposisi individu total krustasea (52%) dan gastropoda (48%). Kelimpahan total tertinggi hingga terendah secara berurutan ditemukan pada stasiun 4, 5, 2, 1, dan 3. Nilai indeks keanekaragaman berkategori sedang dengan nilai 1.30 – 1.76 nilai indeks keseragaman berkisar 0.48 – 0.65, nilai indeks dominansi 0.19 – 0.30. Berdasarkan hasil PCA menunjukkan bahwa F1 terdiri dari stasiun S1, S2, S4, dan S5 dengan variabel utama suhu, salinitas, DO, pH, keanekaragaman, keseragaman, dan dominansi sedangkan F2 terdiri dari stasiun S3 dengan kelimpahan. Berdasarkan hasil penelitian ini, zona intertidal menjadi habitat yang baik untuk kedua kelompok namun lokasi habitatnya cukup berpengaruh terhadap sebarannya secara spasial.