Identifikasi potensi dari mikroorganisme endofit dapat dilakukan dengan analisa genetik dan analisis keragaman gen. Tingkat kemurnian yang baik dari isolasi DNA secara langsung diperlukan untuk mempelajari mikroorganisme dari sampel alam. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan isolasi DNA bakteri endofit pada akar tanaman Vetiveria zizanioides, L. tanpa tahap pengkulturan. Dalam isolasi DNA secara langsung dilakukan beberapa tahapan diantaranya sterilisasi permukaan, ekstraksi dan pengukuran kualitas dan kuantitas hasil isolasi DNA. Ekstraksi DNA secara langsung pada bakteri endofit dari akar Vetiveria zizaniodes, L.telah berhasil dilakukan dengan tingkat kemurnian mencapai 1,798 dengan konsentrasi hingga 780 µg / ml. Kata Kunci :Ekstraksi DNA, Endofit, Vetiveria zizanioides