Mikroalga menjadi salah satu sumber senyawa aktif yang memiliki potensi sebagai sumber pangan fungsional sebagai antioksidan seperti karotenoid. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi mikroalga dari sumber perairan air tawar dan melakukan penapisan terhadap mikroalga sebagi sumber karotenoid. Mikroalga diisolasi dengan menggunakan mikropipet dan dikultivasi dalam media Bold’s Basald Medium (BBM). Penentuan tingkat pertumbuhan dengan spektrofotometer UV-Vis, penentuan berat biomassa kering secara gravimetri, skrining total karotenoid dilakukan menggunakan metode Lichtenthaller dengan spektrofotometer UV-Vis. Berdasarkan hasil penelitian diperoleh empat spesies mikroalga dengan warna hijau yang menandakan semuanya merupakan golongan mikroalga chlorophyta (alga hijau). Skirining total karotenoid dilakukan terhadap empat spesies hasil isolasi dan 2 spesies mikroalga dari Laboratorium Biokimia yaitu Scenedesmus rubescens dan Galdiera sulphuraria. Hasil skrining kandungan total karotenoid tertinggi adalah mikroalga hasil isolasi dari air kolam dengan yang merupakan genus chlorophyta sebesar 36±0,25 μg/g. Hasil ini memberikan informasi isolat mikroalga hasil isolasi dapat dijadikan sebagai mikroalga potensial sebagai sumber dan produksi karotenoid.