Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : Jurnal Kimia (Journal of Chemistry)

MOLECULAR DOCKING SENYAWA XANTON DAN BENZOFENON SEBAGAI ANTIDIABETES DARI EKSTRAK TUMBUHAN GARCINIA COWA I. R. Hartanti; A. A. Putri; N. N. Auliya AS; A. L. Triadenda; E. Laelasari; C. Suhandi; M. Muchtaridi
Jurnal Kimia (Journal of Chemistry) Vol. 16, No.1, Januari 2022
Publisher : Program Studi Kimia, FMIPA, Universitas Udayana (Program of Study in Chemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Udayana University), Bali, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24843/JCHEM.2022.v16.i01.p10

Abstract

Diabetes mellitus tipe 2 disebabkan oleh ekspresi PTP1B yang tinggi dan mempengaruhi aktivitas PTKs, yang menyebabkan insulin gagal berikatan dengan reseptor insulin dan menginduksi resistensi insulin. Senyawa xanton dan benzofenon merupakan senyawa yang telah diketahui memiliki aktivitas farmakologi sebagai antidiabetes. Salah satu tanaman dengan kandungan senyawa tersebut adalah Garcinia cowa. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui afinitas dan mekanisme inhibisi PTP1B oleh senyawa turunan xanton, benzofeno, dan triterpenoid dalam Garcinia cowa antara lain garcinia cowone K, guttiferone I, 1,7-dihydroxyxanthone, 1-hydroxyl-7-methoxyxanthone, mangostinone, ?-mangostin, cowanol, gacibiphenyl C, friedelin, ?-friedelinol, dan oleanane-12-ol secara in silico dengan molecular docking serta melakukan studi pre-ADMET terhadap senyawa tersebut. Molecular docking dilakukan melalui beberapa tahap diantaranya preparasi dan optimasi struktur 3D senyawa uji, preparasi struktur 3D reseptor PTP1B, validasi metode, dan docking senyawa uji dengan PTP1B. Hasil yang diperoleh dari docking senyawa uji dengan reseptor PTP1B berupa energi ikatan, konstanta inhibisi (KI), dan ikatan hidrogen. Semakin rendah nilai energi ikatan menunjukkan ikatan antara protein dan ligan yang dihasilkan semakin stabil. Hasil penelitian menunjukkan energi ikatan dan KI PTP1B dengan native ligand berturut-turut sebesar -10,07 kkal/mol dan 0,0417 ?M. Sementara dengan senyawa ?-mangostin berturut-turut sebesar -8,91 kkal/mol dan 0.29317 ?M. Hal tersebut menunjukkan bahwa senyawa ?-mangostin memiliki potensi sebagai antidiabetes mellitus tipe 2 dengan menghambat PTP1B. Selain itu, senyawa ?-mangostin juga memiliki profil ADMET yang baik. Kata kunci: antidiabetes, diabetes mellitus tipe 2, penambatan molekuler, PTP1B, Xanton Type 2 diabetes mellitus is caused by high PTP1B expression and affects the activity of PTKs, which causes insulin to fail to bind to insulin receptors, and induces insulin resistance. Xanthones and benzophenones are compounds that have been known to have pharmacological activity as antidiabetic. One of the plants containing these compounds is Garcinia cowa. This study aims to know the affinity and inhibition mechanism of PTP1B by xanthones, benzophenones, and triterpenoid in Garcinia cowa, including garcinia cowone K, guttiferone I, 1,7-dihydroxyxanthone, 1-hydroxyl-7 methoxyxanthone, mangostinone, ?-mangostin, cowanol, gacibiphenyl C, friedelin, ?-friedelinol, and oleanane-12-ol in silico by molecular docking and conducted a pre-ADMET study of these compounds. Molecular docking is carried out in several steps including preparation and optimization of the 3D structure of the compound, preparation of the PTP1B receptor 3D structure, method validation, and docking of the compound with PTP1B. The results obtained from the docking of the compound with the PTP1B receptor appears in the form of bond energies, inhibition constant (IC), and hydrogen bonds. The lower the bond energy value, the more stable the bond between the protein and the resulting ligand is. The results showed that the bond energy and IC value of PTP1B with the native ligand is -10,07 kcal/mol and 0,0417 ?M. Meanwhile the ?-mangostin compound is -8,91 kcal/mol and 0,29317 ?M. It shows that the ?-mangostin has potential as an antidiabetic mellitus type 2 agent by inhibiting PTP1B. In addition, ?-mangostin also shows a good ADMET profile. Keywords: antidiabetic, molecular docking, PTP1B, type 2 diabetes mellitus, xanthones
In Silico Study of Phenolic Derivatives Compounds from Olive Plants (Olea europaea L.) as HER2 Inhibitors in Breast Cancer L. Pangestu; W. Oktavelia; F. Ardiansyah; A. Khalilah; E. Novianti; S. Hidayat; T. N. Apriliya; Muchtaridi .
Jurnal Kimia (Journal of Chemistry) Vol. 17, No.1, Januari 2023
Publisher : Program Studi Kimia, FMIPA, Universitas Udayana (Program of Study in Chemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Udayana University), Bali, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24843/JCHEM.2023.v17.i01.p08

Abstract

Sebesar 11,7% dari 19,3 juta kasus kanker yang terjadi pada tahun 2020 merupakan kasus kanker payudara. Kanker ini umumnya disebabkan karena ekspresi berlebih dari protein HER-2 yang berperan dalam proliferasi dan pertumbuhan sel. Salah satu tipe kanker payudara, Triple Negative Breast Cancer (TNBC), menyumbang 10-20% dari semua kasus kanker payudara. Sebagai obat kanker payudara, lapatinib, telah digunakan untuk pasien kanker payudara positif-HER2. Namun, telah diketahui bahwa obat tersebut dapat meningkatkan metastasis sel TNBC. Maka, diperlukan pencarian senyawa baru yang dapat lebih efektif dan aman untuk pengobatan kanker payudara, seperti senyawa yang terkandung dalam extra virgin olive oil (EVOO) dari tanaman zaitun yang mampu menginhibisi aktivitas tirosin kinase dari protein HER-2. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui interaksi molekuler dan profil farmakokinetik senyawa turunan fenolat dari kandungan EVOO. Metode yang digunakan dalam penelitian ini menggungakan metode Studi In silico dilakukan dengan simulasi penambatan molekuler, memprediksi profil farmakokinetik dan toksisitas senyawa, serta drug-likeness yang mengacu pada Lipinski’s Rule of Five. Senyawa 1-Acetoxypinoresinol merupakan senyawa terbaik berdasarkan hasil penambatan molekuler dan profil farmakokinetiknya dengan free binding energy sebesar -4,74 kcal/mol, konstanta inhibisi 335,19 µm, dan terdapat interaksi dengan residu asam amino Asn237. Adapun Nilai HIA dan caco-2 sebesar 93,96% dan 27,75%, nilai PPB dan BBB sebesar 77,58% dan 0,026%, serta tidak bersifat mutagenik dan karsinogenik. Hasil yang didapatkan menyatakan bahwa Senyawa 1-Acetoxypinoresinol memiliki potensi sebagai inhibitor HER2 yang paling baik diantara senyawa lainnya yang terdapat dalam kandungan EVOO. Kata kunci: Extra virgin olive oil, HER-2, in silico, Kanker Payudara ABSTRACT About 11.7% of the 19.3 million cancer cases in 2020 were breast cancer. This cancer is generally caused by overexpression of the HER-2 protein that plays a role in cell proliferation and growth. One type of breast cancer, Triple Negative Breast Cancer (TNBC), accounts for 10-20% of all breast cancer cases. Lapatinib is one of a drug that has been used for HER2-positive breast cancer patients. However, it's known that the drug can promote TNBC cell metastasis. Thus, it is necessary to search for more effective and safer compounds, such as compounds contained in extra virgin olive oil (EVOO) from olive plants for breast cancer treatment that can inhibit the activity of tyrosine kinase from the HER-2 protein. The purpose was to determine molecular interactions and pharmacokinetic profiles of phenolic derivatives from EVOO. The method used in this study was In silico study method carried out by simulating molecular docking, predicting the pharmacokinetic and toxicity profiles of compounds, as well as drug-likeness that refers to Lipinski's Rule of Five. Compound 1-Acetoxypinoresinol is the best compound based on molecular docking results and its pharmacokinetic profile with a free binding energy of -4.74 kcal/mol, an inhibition constant of 335.19 µm, and interactions with the amino acid residue Asn237. The HIA and caco-2 values ??were 93.96% and 27.75%, PPB and BBB values ??were 77.58% and 0.026%, and not mutagenic and carcinogenic. The results obtained stated that Compound 1-Acetoxypinoresinol has the potential to be the best HER2 inhibitor among other compounds contained in EVOO content. Keywords: Breast Cancer, Extra virgin olive oil, Breast Cancer, HER-2, in silico
Co-Authors A. A. Putri A. Diantini - A. Khalilah A. L. Triadenda A. Mutalib - Abdul Mutalib Abdul Mutalib Abednego K. Gwiharto Abednego Kristande Abun Abun Abun Abun Abun Ade Rizqi Ridwan Firdaus Ade Zuhrotun Agus Rusdin Agus Rusdin AJENG DIANTINI Aliya Nur Hasanah Ami Tjiraresmi Anas Subarnas Andri Kusmayadi Angga Geganaputra Annisa Atusholihah Annisa Rafashafly Anton Apriyantono Arief Cahyanto Arif Budiman Arif Budiman Asep Nurrahman Yulianto Basuki Hidayat C. Suhandi Carla Florencia Cecep Suhandi Cecep Suhandi Cecep Suhandi Christine Christine CINDY APRILLIANIE WIJAYA Cindy Aprillianie Wijaya Cleopatra D. Semesta Desra Widdy Syafra Devani Olivia Winardi Dewi Permatasari Diah Lia Aulifa Diantini, A. - Dilal Adlin Fadil Dini Rochdiani Dolih Gozali - E. Laelasari E. Novianti Eli Halimah ELI HALIMAH Eli Halimah Ellen N. Yunita Elsa N. Sitinjak Elvan Kamal Ersa Fadhilah F. Ardiansyah Fadil, Dilal Adlin FATHIA NABILA AULANI Fathia Pebriani Ganendra Akbar Hadiyanto Gia A. Faradiba Hafidh Beta Arif Putra Harsoning Tyas Mardisanutol Hasna Chaerunisa Herlina Herlina I Made Jhoni I Made Joni I. R. Hartanti Ida Ayumiati Ida Musfiroh Ida Musfiroh Ida Musfiroh - Imam Adi Wicaksono Ivanna Fauziyah Kusnadi Iyan Sopyan Jessica Tristi Jessyca Sirait Jutti Levita Karyadi Karyadi Karyn Elizabeth Keiichi Motoyama Kevin Reinard Lie L. Pangestu Levita, J. - Lovita Adriani Luthfi Ihsan Sulaeman Luthfi U Setyawati Luthfi U. Setyawati Luthfi Utami Setyawati Luthfi Utami Setyawati Maitsa Alya Fakhirah Martalena Ramli MEGANTARA, SANDRA Meilinda setya praceka MELISSA MELISSA Mentari Luthfika Dewi Mohamad Taufik Ismullah Monica Richelle Herdady Muhammad Ariq Al Faruq Muhammad Fadhil Pratomo Muhammad Raihan Riyaldi Muhammad Syahid Abdillah Muhammad Yusuf Mulyana - - Musfiroh, I. - Mustarichie, R. - Mutakin Mutakin N. Elly Rosilawati N. N. Auliya AS Nabila Alivia Yasmin Nabilah Muhamad Nadia Ulil Fatiya Nadya Dwi Banowati NAELI FARHATY Nasrul Wathoni Nathannael Adrya Hadiwijaya Nazwa N. Mikdar Neli Neli Nia Yuniarsih Norisca A. Putriana Norisca Aliza Putri Norisca Aliza Putri Nurfianti Silvia Nurhanifah Puspitadewi Nursuhud NUZAHA BAQIYATUS SHOLIHAH AZIMAH Petra Pahlawanda Chrisanto Liawardi Randy Rassi Prayoga Ratu Hanifa Fayza Dipadharma Refitha N. Putri Richa Mardianingrum Rina Fajri Nuwarda Risda R Islamiyati Risda Rahmi Islamiaty Riska Febriyanti Ronny Lesmana S. Hidayat Salsa Sagitasa Salsabila Athaya Sandra Megantara SANDRA MEGANTARA Savira Silma Aulia Shafa Nurul Fadilah Siti Nunung Nurulaini Sitti Faza Karima Slamet Budijanto Sri Adi Sumiwi Sri Aguswarini Sri Gustini Husein St. Rohmani Nahariyah Stepanus Massora Sugianto Ayudha Hartono Suhendi, Cece Susyati Susyati Syahla Afaaf Alliyah Syahrul Hidayat T. N. Apriliya Taofik Rusdiana TIANA MILANDA TIARA SALSABILA MAJID Udin. L.Z - Ujang Hidayat Tanuwiria W. Oktavelia Wa Ode Ida Fitriah WARID ALI QOSIM Wiwit Nurhidayah Yasmiwar Susilawati Yulianto, Asep Nurrahman Yuni Nurjanah Zelika Mega Ramadhania