Masih banyak guru yang belum mampu mengembangkan media pembelajaran inovatif yang mampu memfasilitasi belajar siswa sehingga berdampak pada hasil belajar yang rendah. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengembangkan multimedia pembelajaran interaktif berbasis pendekatan saintifik untuk meningkatkan hasil belajar siswa terhadap materi prostista. Jenis penelitian ini yaitu penelitian pengembangan dengan menggunakan model 4D. Objek penelitian ini adalah 30 yang terdiri atas para ahli dan siswa. Teknik yang digunakan untuk mengumpulkan data yaitu observasi, wawancara, dan kuesioner. Instrument yang digunakan untuk mengumpulkan data yaitu kuesioner. Teknik yang digunakan untuk menganalisis data yaitu analisis statistik kualitatif dan kuantitatif. Berdasarkan hasil validasi yang dilakukan diperoleh nilai validitas untuk multimedia pembelajaran interaktif berbasis pendekatan saintifik adalah 90,25% dengan kategori sangat valid dari ahli materi dan 80,50% dengan kategori valid dari ahli media serta 82% dengan kategori valid oleh guru Biologi. Dapat disimpulkan bahwa multimedia pembelajaran interaktif Berbasis Pendekatan Saintifik pada Materi Protista layak untuk digunakan dalam pembelajaran dikelas. Implikasi penelitian ini yaitu media yang dikembangkan dapat digunakan untuk memfasilitasi belajar mandiri pada siswa.