COVID-19 berdampak global terhadap semua sektor kehidupan masyarakat khususnya ekonomi dankesehatan. Dari berbagai permasalahan yang muncul di saat terjadi pandemi adalah pelaksanaanisolasi mandiri, terutama terjadi penolakan dan tata kelola yang kurang baik. Oleh karena itupenelitian ini dimaksudkan untuk mengeksplorasi tata kelola pengelolaan isolasi mandiri yangdilakukan ditingkat daerah di Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) dan Jawa Tengah. Desainpenelitian observasional pada 707 responden tenaga sanitarian di wilayah kerja Puskesmas dan DinasKesehatan yang berada di DI Yogyakarta dan Jawa Tengah. Penelitian dilakukan periode bulan Junisampai akhir Agustus 2021 menggunakan survei online pada anggota Himpunan Ahli KesehatanLingkungan Indonesia (HAKLI) yang penilaiannya dengan metode kualitatif berdasarkan tanggapanresponden. Temuan penelitian ini menunjukkan bahwa angka kejadian kasus covid 19 di DaerahIstimewa Yogyakarta 93.020 kasus yang melakukan isolasi mandiri 49.575 orang dan di Jawa Tengah373.215 kasus yang melakukan isolasi mandiri 205.632 orang, sehingga pelaksanaan isolasi mandiribaru mencapai 54,72%. Tempat isolasi mandiri yang paling banyak digunakan di DI Yogyakartaadalah gedung khusus 35,9% dan 34,6% tidak ada isolasi terpusat, sedangkan Propinsi Jawa Tengah34,6% tidak ada isolasi terpusat dan 32,3% gedung khusus. Untuk pelaksanaan pengelolaan limbahinfeksius di DI Yogyakarta yang melakukan 30,8% sedangkan di Jawa Tengah 39,7%. Untukmengoptimalkan pengelolaan limbah infeksius isolasi mandiri COVID-19 dengan cara meningkatkanpemberdayaan masyarakat dengan didukung kebijakan yang holistik yang melibatkan pemangkukepentingan di semua tingkatan daerah.Keyword : Isolasi mandiri, Covid-19, Limbah infeksius