Masalah utama perikanan tangkap Indonesia adalah overfishing, kemiskinan nelayan, dan kerusakan ekosistem laut dimana terdapat hubungan yang kompleks satu sama lain. Oleh karena itu, penelitian yang berlangsung Oktober 2018-Oktober 2019 ini bertujuan untuk mengurai peubah/variabel penting pada struktur sistem perikanan tangkap nasional yang dapat membantu pemerintah dalam mengambil kebijakan perikanan tangkap untuk lebih efektif dengan menggunakan metode dan software MICMAC (Matrice d'Impacts Croisés-Multiplication Appliquee à un Classement). Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat 28 peubah sistem perikanan tangkap nasional yang terdiri dari 5 kategori, yaitu ekonomi, kebijakan, sosial budaya, lingkungan, serta sains dan teknologi. Analisis struktural sistem perikanan tangkap Indonesia menunjukkan bahwa peubah yang paling berpengaruh berdasarkan Matrix of Direct Influences (MDI) dan Matrix of Indirect Influences (MII) adalah produksi perikanan tangkap, IUU fishing, policy/kebijakan perikanan tangkap, dan biaya melaut. Sementara peubah yang memiliki tingkat ketergantungan paling tinggi berdasarkan MDI dan MII adalah stok ikan dan industri perikanan. Selain itu, displacement map dari MDI ke MII hanya terjadi di dalam kuadran (dari empat kuadran), kecuali peubah bantuan pemerintah yang berpindah dari kuadran relay variable ke kuadran dependent variable.