Teluk Balikpapan memiliki luas daerah aliran sungai 211.456 hektar dan perairan seluas 16.000 hektar. Daerah aliran sungai Teluk Balikpapan memiliki peranan yang cukup penting dan strategis, diantaranya sebagai penyangga keseimbangan fungsi teluk tersebut sebagai pelabuhan laut Balikpapan dan sumber penghasilan masyarakat di sekitarnya serta kehidupan ekosistem perairan kawasan teluk atau bisa disebut juga dengan Kawasan Ekosistem Esensial dan saat ni terancam punah. Rumusan masalah dalam penulisan ini adalah bagaimanakah perlindungan hukum terhadap kawasan ekositem esensial Teluk Balikpapan serta penelitian ni bertujuan untuk memberikan rekomendasi kepada pemerintah daerah dan stakeholder untuk mengeluarkan regulasi lanjutan terkait perlindungan hukum Kawasan Ekosistem Esensial Teluk Balikpapan serta menyetujui penetapan areal Kawasan Konservasi Pesisir dan Pulau-Pulau Kecil Teluk Balikpapan. Sedangkan metode pendekatan yuridis empiris berlandaskan pada sumber data primer yaitu data wawancara, data sekunder berupa jurnal sebagai landasan untuk membantu penulis dalam menganalisis dan mengumpulkan data. Berdasarkan hasil penelitian, upaya perlindungan hukum terhadap kawasan ekositem di Teluk Balikpapan masih belum dilakukan secara maksimal karena provinsi Kalimantan Timur hanya mengeluarkan Surat Keputusan Gubernur Kalimantan Timur Nomor; 522.5/K.672/2020 tentang indikatif KEE berupa peta indikatif dan belum sampai kepada penetapan kawasan ekosistem esensialnya secara definitif. Selain itu, sampai saat ni belum adanya kelembagaan untuk pengelolalan kawasan Teluk Balikpapan. Kata Kunci : Kawasan Ekosistem Esensial, Perlindungan hukum, Teluk Balikpapan.