Dalam konteks membentuk manusia seutuhnya, perlu adanya suatu lembagapendidik yang memiliki ciri khas keagamaaan khususnya agama Islam yang disebutdengan pendidikan pesantren yang terintegrasi dengan pendidikan madrasah didalamnya. Peneliti menggunakan pendekatan kualitatif dengan rancangan penelitianstudi multi kasus. Pengumpulan data dalam penelitian ini dilakukan dengan metodewawancara mendalam, observasi dan dokumentasi. Analisis data penelitian dilakukanmelalui dua tahap yaitu analisis data kasus individu berupa reduksi data, penyajian dataserta penarikan kesimpulan. Sedangkan analisis data lintas kasus dilakukan denganmengkomparasikan temuan-temuan pada masing-masing kasus individu untukkemudian dilakukan proposisi temuan penelitian. Hasil penelitian disimpulkan sebagaiberikut: (1) karakteristik budaya madrasah berbasis pesantren di kedua lembaga terdiriatas nilai-nilai yang dijadikan pedoman berperilaku individu dan kelompok; (2) perandan fungsi budaya madrasah berbasis pesantren dalam melakukan proses transfer ilmuagama Islam, mencetak kader-kader ulama?, dan mempertahankan tardisi; (3) faktorfatoryang membentuk budaya madrasah berbasis pesantren di kedua lembaga, seperti:kepemimpinan Tuan Guru, kitab-kitab rujukan umum, dan sisitem nilai (value sistem)yang digunakan; (4) model pendidikan dalam budaya madrasah berbasis pesantren dikedua lembaga yaitu model pendidikan keterampilan hidup (life skill); (5) pendekatandan langkah-langkah dalam membentuk karakter spiritual peserta didik di kedualembaga dilakukan secara sistematis dan berkesinambungan dengan melibatkan aspek?knowledge, feeling, loving, and action; (6) menciptakan budaya madrasah berbasispesantren melalui kepemimpinan Tuan Guru yang mempekerjakan danmempertahankan orang-orang yang berdedikasi tinggi dengan cara berpikir yang sesuaidengan nilai-nilai yang dianut, dimana Tuan Guru sendiri sebagai model peran; (7)mengembang-kan budaya pondok pesantren kedua lembaga melalui cerita, ritual,lambang kebendaan, dan bahasa; (8) mempertahankan budaya di kedua lembagamelalui seleksi, manajemen puncak, dan sosialisasi; (9) sosialisasi di kedua lembagadilaksanakan mulai dari prakedatangan, keterlibatannya, metamorfosis; dan (10)dampak budaya madrasah berbasis pesantren terhadap eksistensi kedua lembagasebagian besar ditentukan oleh konsistensi dan penekan pada pembentukan tata nilai.Kata kunci: budaya, pesantren, karakter spiritual